首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressed circRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(target DEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标志物的潜力...
4、miRNA、lncRNA、circRNA的鉴定以及ceRNA网络的构建 通过搜索miRDB、miRWalk和TargetScan数据库,共预测出与上述8个关键基因相关的199个重叠的上游miRNA(图6A)。根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR...
然后作者又对低温处理的茶树中mircoRNA进行测序分析，共鉴定到129个保守的microRNA，基于以上结果作者预测并构建了circRNA-microRNA-mRNA调控网络，发现差异表达的circRNA可能靶向与低温胁迫反应相关的多种已知miRNA，如miR166、miR172、miR396和miR408（图10D-F）。图9 茶树circRNAs的特征和序列验证(Huang et al.,2023...
miRNA介导的调节作用是适度的,miRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而竞争性内源RNA可以通过竞争性地结合miRNA减弱其对下游蛋白编码基因的调控。研究发现一些circRNA和lncRNA可能存在miRNA的结合位点,能充当竞争性内源RNA与miRNA竞争性结合,从而间接调控miRNA靶基因的表达[14]。这种竞争性结合miRNA的作用就是常说的miRNA的海...
ceRNA网络是一种新型的基因调控机制,可以通过共享microRNA(miRNA)来影响彼此的表达,导致疾病或某种表型的改变。在这篇文章中,我将分享使用igraph包构建ceRNA网络的r语言代码,让老铁你可以轻松构建自己的网络并进一步探究基因调控的机制。 一、软件包与输入的配置 ...
当 circRNA 作为 ceRNA 与 mRNA 竞争结合相同的 miRNA 时,circRNA、miRNA 和 mRNA 之间的这种相互作用称为 ceRNA 串扰。一个miRNA可能有多个目标circRNA,它也可以调节几个不同的mRNAs,因此,可以存在许多由该miRNA介导的串扰,形成一个ceRNA网络。这样的网络可用于检测癌症生物标志物、早期诊断模式 和癌症治疗的新概念...
由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。 他们的研究结果发表在《Aging-US》杂志上的一篇题为“Comprehensive analysis of the competing endogenous circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA network and identification of a novel...
5、miRNA 靶基因的筛选、 验证及相关功能研究; 6、circRNA-miRNA-mRNA 调控网络的验证。 福利来啦 2021年1月12日(周二),吉凯基因将进行一场线上直播讲座——环状RNA研究之实验设计及功能验证,拥有6年多项目实操经验的方案设计专家,手把手教你环状RNA研究必备技能。 参与方式见下方海报 参考文献: 1、Kris...
糖尿病及相关并发症中CircRNA-miRNA-mRNA的相互作用 MiRNAs被记录为通过控制信号级联中涉及的基因的上调或下调在糖尿病的发病机制中发挥重要作用。例如,miR375参与了胰腺细胞的发育。基于糖尿病及其相关并发症中miRNAs表达变化的特征,已经在电子数据库的帮助下从实验研究中浮现出来。