miRDB是一个用于动物(人、小鼠、大鼠、狗、鸡)miRNA靶标预测和功能注释的在线数据库,用户可通过按miRNA名称或按基因靶标信息两种方式进行检索。 数据库链接:http://www.mirdb.org/ 往期教程: 《使用miRDB预测miRNA的靶基因》 5.miRWalk miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测...
而后从BBCancer数据库下载相应的细胞外囊泡miRNA表达矩阵进行差异分析,获得显著下调的13个miRNA,进一步从Circbank数据库获得hsa_circ_0004831可能结合的22个miRNA,二者取交集获得一个结果,即hsa-miR-4326与hsa_circ_0004831可能存在ceRNA关系。此后,作者在TargetScan预测到hsa-miR-4326靶基因3629个,与之前exoRBase数据库mRNA...
需要说明的是circMir数据库采用了miRanda (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do) 与RNAhybrid (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/) 两种程序来预测circRNA-miRNA交互,而之所以强调这一点是因为众多可以预测所结合的miRNA的circRNA数据库都是基于各大已知的相关miRNA数据库运作的。如...
本文探讨结直肠癌(CRC)外泌体中hsa_circ_0004831及其参与的ceRNA网络对CRC临床预后的预测价值,首先从exoRBase数据库获得CRC患者和正常组织来源的外泌体circRNA和mRNA表达矩阵进行差异分析,结果得知hsa_circ_0004831在CRC中表达水平平均增加3.92倍,在Figure3A中展示。而后从BBCancer数据库下载相应的细胞外囊泡miRNA表达矩阵...
运行circMir应用程序后，主界面分为三个部分：左侧用于输入circRNA，中间用于输入miRNA，右侧用于图形化展示。需要注意的是，circMir数据库采用了miRanda和RNAhybrid两种程序来预测circRNA-miRNA交互，这是因为它基于各大已知的相关miRNA数据库运作，如circbank数据库基于Targetscan及miRanda程序。接下来，我将详细...
预测miRNA-circRNA的相互作用 预测circRNA和RNA绑定蛋白的关系 CircInteractome 相较于上面的starBase, CircInteractome(https://circinteractome.irp.nia.nih.gov/index.html)是一个专门的用来预测circRNA相互作用的数据数据库。 除了基本的相互作用的预测,这个数据库还可以进行circRNA相关信息的检索以及circRNA引物以及siRNA...
1. 利用多个数据库预测取交集 • 建议选择至少3个数据库，例如miRanda, TargetScan, RNAhybrid等，将预测结果取交集，可以显著减少miRNA的数量。• 推荐工具:o miRanda: 侧重于序列互补性和热力学稳定性。o TargetScan: 更关注miRNA种子区域的匹配和进化保守性。o RNAhybrid: 基于miRNA和mRNA二聚体...
1)circRNA-miRNA预测:基于miRanda、miRBase和circBase资源开发了circRNA-miRNA预测工具来识别/推测circRNA-miRNA相互作用; 2)circRNA IRES预测:根据BLAST、IRESbase和circBase资源,开发了circRNA IRES预测,以确定实验验证的人类circRNA IRESs; 3)ribo-circRNA定位工具:为鉴定ribo-circRNA并预测其翻译的肽和蛋白的亚细胞定位,...
Circinteractome数据库全称:Circular RNA Interactome,网址为:https://circinteractome.nia.nih.gov/,功能特点:(1)探索circRNA与RBP的潜在相互作用,(2)设计特异性趋异引物以检测circRNA,(3)研究组织和细胞特异性circRNA,(4)鉴定基因特异性circRNA,(5)探索与circRNA相互作用的潜在miRNA,以及(6)设计特异性siRNA以沉默cir...
1)circRNA-miRNA预测:基于miRanda、miRBase和circBase资源开发了circRNA-miRNA预测工具来识别/推测circRNA-miRNA相互作用; 2)circRNA IRES预测:根据BLAST、IRESbase和circBase资源,开发了circRNA IRES预测,以确定实验验证的人类circRNA IRESs; 3)ribo-circRNA定位工具:为鉴定ribo-circRNA并预测其翻译的肽和蛋白的亚细胞定位,...