需要说明的是circMir数据库采用了miRanda (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do) 与RNAhybrid (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/) 两种程序来预测circRNA-miRNA交互,而之所以强调这一点是因为众多可以预测所结合的miRNA的circRNA数据库都是基于各大已知的相关miRNA数据库运作的。如...
circBase综合RegRNA2.0预测circRNA-miRNA结合位点 本期内容: circRNA-miRNA结合位点预测方法 一. circBase数据库 circBase是一个记录了H.sapiens、mouse、D.melanogaster和C.elegans这4个物种circRNA信息的公开数据库。数据库circRNA以“物种_circ_8位数编号”(hsa_circ_0000430)的命名方式记录,少量circRNA会提供其他形式...
(2)针对circRNA与miRNA分子特征提取种类少和缺少特征融合机制的问题,本文提出了一种基于分子属性表示、异构网络嵌入和神经网络的模型,名为KGHS- CMI,用以编码、提取和融合多源生物信息,并支持下游预测任务。首先,分子属性特征提取模块使用K-mer算法和高斯相互作用核提取分子序列片段的丰度表示和分子功能相似性表示作为...
o 可以利用数据库如 miRDB, miRTarBase 等查找miRNA的功能和靶基因信息。4. 文献检索 • 检索已发表的文献，查找与你的circRNA相关的miRNA。o PubMed, Google Scholar 等文献数据库可以帮助你快速找到相关文献。5. 实验验证 • 生物信息学预测的结果需要通过实验验证。o 双荧光素酶报告基因实验:...
运行circMir应用程序后，主界面分为三个部分：左侧用于输入circRNA，中间用于输入miRNA，右侧用于图形化展示。需要注意的是，circMir数据库采用了miRanda和RNAhybrid两种程序来预测circRNA-miRNA交互，这是因为它基于各大已知的相关miRNA数据库运作，如circbank数据库基于Targetscan及miRanda程序。接下来，我将详细...
输入要预测的circRNA序列,点击GO, 即可获得预测到的与circRNA结合的miRNA信息, starbase网站 打开starbase网站,选择对应的物种,输入circRNA ID, 以hsa_circ_0001946为例,输入hsa_circ_0001946,即可获得Ago CLIP-seq 数据支持的 miRNA-circRNA 互作。 ...
miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测的数据库,当前版本3.0(最近更新2022,较新),支持一次输出单个或多个miRNA或靶基因进行检索。 数据库链接: http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ 二、circRNA数据库 1.circBase ...
越来越多的证据表明circRNA通过与miRNA相互作用在疾病的产生和治疗中发挥着重要作用。因此,准确预测潜在的circRNA-miRNA相互作用(CMI)十分重要。然而,传统的湿实验耗时费力,并且结果会受到客观因素的影响。在本文中,作者提出了一个计算模型BCMCMI,BCMCMI在两个CMI预测的基准数据集上相比其他最先进的模型取得了优越的结果...
(57)摘要本发明公开一种circRNA和miRNA关联关系高效预测方法,包括如下步骤:1、下载circRNA、疾病与miRNA数据,构建circRNA与miRNA的邻接矩阵A;2、计算基于疾病和miRNA的circRNA高斯内核相似度矩阵CCIS和CMIS,计算circRNA的序列相似度矩阵CES;计算基于疾病和circRNA的miRNA高斯内核相似度矩阵MIS和MCIS;3、构建circRNA和miRNA的...
今天给大家介绍的regRNA 2.0在线数据库就可以解决这个问题,下面举例给大家演示如何通过regRNA 2.0数据库基于circRNA序列预测miRNA结合位点。 RegRNA2.0网址:http://regrna2.mbc./ 首先打开RegRNA 2.0网站,在菜单栏中找到Scan项点击进入Scan页面。 然后,输入circRNA成熟序列(fasta序列格式),在RNA-RNA interaction region功能...