然后,输入circRNA成熟序列(fasta序列格式),在RNA-RNA interaction region功能项中勾选miRNA Target Sites,选择对应的物种、设置score和free_energy参数(也可不调整,直接选默认参数),值得注意的是RegRNA 2.0使用的miRNA结合位点算法是基于miRanda。最后点击页面底部的submit按钮即可进行在线预测。 整个预测速度还是非常快的,...
mirSVR是一套打分机制,通过一个回归模型对miRanda预测出来的结合位点进行打分,分值越低该结合位点越可靠。 开发者通过miRanda和mirSVR, 预测了人,小鼠等5个常见物种的miRNA集合位点信息,并将结果整理成了数据库,网址如下 http://www.microrna.org/microrna/home.do 该数据库中包含的物种和miRNA数量汇...
RegRNA网站是一个功能强大的在线分析RNA motif的工具,从RNA剪接位点、转录因子结合位点到miRNA结合位点的预测,通过该网站都能实现。环状RNA作为一类新的分子,在预测circRNA与miRNA结合位点的在线工具还不是很多,像CircularRNA Interactome等网站只能通过circRNA的circBaseID号进行预测。而通过高通量测序得到新的circRNAs序列没...