2、http://microRNA.org数据库预测 网址:http://www.microrna.org/microrna/home.do 输入miRNA名字(可同时输入多个) 以smad 5为例,物种选择为所有 网址:http://www.microrna.org/microrna/home.do mirSVR:热力学稳定性大小(要求小于等于-0.1)分值越低,表明miRNA-mRNA二者结合稳定性越强,相应miRNA下调基因的...
一、miRNA与mRNA结合预测miRNA是非编码调控小分子,通过抑制基因表达发挥作用,前体pri-miRNA、pre-miRNA通过核内的drosa酶作用,由核孔复合体进入至胞浆中,在通过Dicer酶的剪切,形成成熟的miRNA,AGO2可介导miRN…
首先，miRNA预测mRNA的方法主要包括以下三种：1. **Targetscan数据库预测**：以hsa-miR-486为例，访问网址：targetscan.org/mamm_31/，可获得结合位点的详细信息。2. **miRDB数据库预测**：使用hsa-miR-486-5p作为例子，链接为mirdb.org/，提供预测结果。3. **RBPmap数据库预测**：同样以hsa-miR-...
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
1.miRNA-Target 该功能模块主要是预测 miRNA 的靶基因。提供 miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA 和 miRNA-sncRNA 五种的相互作用网络。 这里我们选择 miRNA-mRNA 为例,展示如何根据特定的 miRNA 预测与其结合的 mRNA,具体操作如下图所示: ...
# mirna和mrna互相预测 # BiocManager::install("multiMiR") library(multiMiR) # 开始计算,全程联网,mirna,target决定预测方向,空值时作为目标 example3 <- get_multimir(org = "hsa", mirna = "hsa-miR-xxx-5p", # 你的miRNA # target = "XXXX", # 你的mRNA table = "predicted", predicted.cutoff ...
此外,作者对miRNA-mRNA的配对最初是基于miRNA和mRNA的表达值之间的相关性,然后在用miRanda等进行靶向预测。但是实际上,通过miWALK可以发现更多的潜在靶标,miWALK是目前常用的miRNA靶标预测手段(PMID:21605702),它是基于miRAN与mRNAde 3’-UTR区域的结合情况进行预测,因此其分析结果也更加可靠,将这些潜在靶标与差异mRNA...
使用多个网页工具预测MiRNA–mRNA相互作用 miRWalk2.0 (/apps/zmf/mirwalk/) 这个工具提供12个算法,一篇文章利用该miRWalk工具后选择被7个工具预测到的MiRNA–mRNA相互作用关系作为最后的结果。 所以大家如果也有miRNA列表,就可以使用它,肯定有人会以为我来图文并茂的讲解这个网页工具如何使用,那你错了,我不会做这么...
miRWalk2.0不仅仅记录了基因全长序列上的miRNA结合位点,也会将其与已有的12个miRNA靶标预测程序(DIANA-microTv4.0 , DIANA-microT-CDS , miRanda-rel2010 , mirBridge , miRDB4.0 , miRmap , miRNAMap, doRiNA i.e.,PicTar2, PITA RNA22v2 , RNAhybrid2.1 and Targetscan6.2 )的预测结合信息集合进行结合关联...
状态:9集全 类型:大学专业课 年份:2021 首播时间:20210826 语言/字幕:汉语 更新时间:20210826 简介:益加医上传的教育视频:1、miRNA靶标(一)miRNA与mRNA相互预测.,粉丝数440,作品数641,免费在线观看,视频简介:1、miRNA靶标(一)miRNA与mRNA相互预测. UP主简介 ...