利用R来批量预测miRNA的靶基因，包括miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA以及miRNA-circRNA之间的调控关系。
multiMiR包发布于2014年7月,当前版本于2020年4月更新,收录4 个外部数据库,其中8 个为预测的 miRNA-靶基因相互作用关系(DIANA-microT-CDS、ElMMo、MicroCosm、miRanda、miRDB、PicTar、PITA 和 TargetScan),其中有3 个为实验验证的miRNA-靶基因相互作用关系(miRecords、miRTarBase 和TarBase),以及3个包含药物/疾病等相...
将人工合成生物素标记的 miRNA片段转入细胞胞内,让其与靶基因mRNA形成蛋白复合物,裂解细胞后再利用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素基团的互作捕获miRNA-mRNA 复合体。 3. miRNA/靶基因间相互作用的功能学验证 (1)miRNA对靶基因mRNA/蛋白表达的影响 如果一个给定mRNA是miRNA的靶基因,那么miRNA的改变会影响靶基因mRNA和...
通过完全配对,降解mRNA抑制蛋白,qRT-PCR检测mRNA,WB检测蛋白都呈现明显的下调。通过部分配对,通过抑制翻译抑制蛋白,qRT-PCR检测mRNA没有变化,WB检测蛋白呈现明显下调。 三.如何预测miRNA靶基因 常用的microRNA数据库和预测软件非常多,下面以常用数据库为例,详细叙述预测microRNA与靶基因的互作的网站,希望对microRNA的研...
MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的小分子RNA,广泛参与基因转录后的表达调控,与分化、发育、组织生长、代谢等生理过程息息相关。 早期科研者研究了miRNA与mRNA相互作用,所以相关网站比较多;近几年,热门的lncRNA、circRNA、外泌体等再次掀起miRNA调控研究的热潮,但是预测方法却鲜有提及。
鉴定miRNA靶基因的最常用方法是依赖计算机算法,如TargetScan、MiRanda和PicTar。它们预测miRNA种子区的结合。种子区(seed region)指的是miRNA上进化最为保守的片段,从第2个到第8个核苷酸,通常与mRNA 3’-UTR上的靶位点完全互补。 每种算法都有自己独特的一套规则,但主要遵循以下几个基本原则:miRNA 与其靶位点的互补...
miRNA主要通过与靶mRNA的结合,或促使mRNA降解,或阻碍其翻译,从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因,可以为研究miRNA功能提供线索。 实验步骤 构建含靶基因3’UTR的双荧光素酶报告基因载体、microRNA mimics或 microRNA negativecontrol...
这些数据库一般是通过预测miRNA种子区与mRNA的结合情况来预测靶基因。种子区(seedregion)指的是miRNA上进化最为保守的片段,从第2个到第8个核苷酸,通常与mRNA 3’-UTR上的靶位点完全互补。每个数据库都有自己独特的一套规则,但主要遵循以下几个基本原则:miRNA与其靶位点的互补性;miRNA 靶位点在不同物种之间的保守性...
基于这个原理，miRNA-target 双萤光素酶报告基因系统被科研工作者普遍认可，用于验证miRNA与靶基因的直接靶向关系。汉恒生物所使用的萤光素酶报告基因载体psi-CHECK2采用了萤火虫/海肾双萤光素酶双报告基因系统，其中海肾萤光素酶为检测报告基因，而萤火虫萤光素酶则作为内参报告基因。验证miRNA与mRNA/lncRNA/circRNA的...
1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk 3.0数据库进行预测。 1.1miRWalk数据库简介 miRWalk(http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/)是一个综合性的miRNA靶基因数据库,不仅仅收录了Human、Mouse、Rat、Dog、cow等多个物种的miRNA靶基因信息,也将...