LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
IncRNASNP 是提供人、小鼠长链非编码RNA(lncRNA)中单核苷酸多态性(SNP)的全面资源的数据库。该数据库由华中科技大学研究人员开发的专门收录lncRNA和SNP关联信息的数据库,它包含lncRNA中的SNP位点,探究SNP对lncRNA结构的影响,lncRNA中的突变以及lncRNA:miRNA结合,分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响。lncRNASNP2...
该数据库除了能预测lncRNA上的SNP位点对其二级结构的影响外,还可以提供lncRNA-miRNA结合预测。 7. starBase v2.0 网址链接:http://starbase./。该数据库由中山大学开发,集合了108个CLIP-Seq数据,可对lncRNA-miRNA结合可能性进行预测。 8. LncRNAMAP 网址链接:http://lncRNAMap.mbc./。该数据库基于高通量测序...
DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental v.2 (23) and miRSponge (21) databases. ...
一、数据库概览 进入exoRBase主页(exorbase.org/)可见数据库简介,exoRBase由复旦大学医学院上海肿瘤研究所黄胜林教授课题组于2018年发表在Nucleic AcidsResearch杂志,该数据库基于归一化处理的人类血液外泌体RNA-seq数据和已发表文献数据进行整合,旨在表征人类血外泌体中circRNA、lncRNA和mRNA表达及可视化结果、功能注释和...
预测lncRNA-miRNA结合数据库，不嫌多，不嫌多！1. DIANA-LncBase v2 2. LNCediting 3. NPInter v3.0 4. lncReg 5. LNCipedia v4.0 6. lncRNASNP 7. starBase v2.0 8. LncRNAMAP 以上就是到⽬前为⽌，可能进⾏lncRNA-miRNA结合预测的数据库。⼋⼤数据库，你是否...
而后从BBCancer数据库下载相应的细胞外囊泡miRNA表达矩阵进行差异分析,获得显著下调的13个miRNA,进一步从Circbank数据库获得hsa_circ_0004831可能结合的22个miRNA,二者取交集获得一个结果,即hsa-miR-4326与hsa_circ_0004831可能存在ceRNA关系。此后,作者在TargetScan预测到hsa-miR-4326靶基因3629个,与之前exoRBase数据库...
lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息,通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来 探究SNP位点对于lncRNA结构的影响 分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响 除此之外,还提供了lncRNA,SNP在TCGA数据库中的相关信息,比如lncRNA在各种肿瘤中的表达谱,SNP位点在各种疾病中的突变情况。该数据库...
前面两期为大家详细介绍了非编码RNA中的#lncRNA和#circRNA,本期继续为大家介绍一种非编码RNA:miRNA。本文将从miRNA的发现、结构、作用机制、功能、表达调控以及常用数据库几个方面为大家详细介绍#非编码RNA调控系列之#miRNA的调控。 #汉恒生物 #科研 +5
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