它包含lncRNA中的SNP,SNP对lncRNA结构的影响,lncRNA的突变和lncRNA:miRNA结合。 7. 数据库名称:lnCAR 网址:lncar.renlab.org/explor种属信息:人和小鼠功能:中山大学肿瘤防治中心的任间教授和左志向副研究员合作在2019年Cancer Research发表的,这个数据库主要是整理来自GEO数据库中的10大类癌症大概60000个样本的芯片...
而后从BBCancer数据库下载相应的细胞外囊泡miRNA表达矩阵进行差异分析,获得显著下调的13个miRNA,进一步从Circbank数据库获得hsa_circ_0004831可能结合的22个miRNA,二者取交集获得一个结果,即hsa-miR-4326与hsa_circ_0004831可能存在ceRNA关系。此后,作者在TargetScan预测到hsa-miR-4326靶基因3629个,与之前exoRBase数据库...
LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
该模块用于浏览与指定染色体上的小非编码RNA重叠的lncRNA。选择物种、染色体和小非编码RNA类型（miRNA或piRNA）后点击submit，注意牛、鸡、斑马鱼三个物种未收录piRNA。结果页面如下，页面最上方可确认设置条件，表格上方显示所有符合要求的lncRNA的数量，表格中标明了lncRNA的ID、所处染色体位置和与之重叠的miRNA或piRNA...
网址链接:http://www.microrna.gr/LncBase。该数据库前段时间小编分享过了,该数据库有预测模块和实验验证模块进行lncRNA-miRNA结合可能性预测,实验验证模块基于150个CLIP-Seq数据。 2. LNCediting 网址链接:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/。该数据库提供了lncRNA的RNA编辑数据,可分析二级结构的变化,...
通过这个数据库,我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息,但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式,只支持refseq Id,ensembl id和human body map项目中给出的lncRNA id。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— ...
六、Starbase 数据库 Starbase 数据库:Starbase V3.0提供miRNA调控LncRNA、假基因和circRNA的互作信息。 七、DIANA-LncBase V2数据库 DIANA-LncBase V2数据库:来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,DIANA-LncBase:提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控LncRNA的信息。该网站可以预测lncRNA-mi...
通过网络数据库miR CODE、LNCBase等预测LncRNA-miRNA-mRNA轴上相关的靶基因。确定靶基因后，通过miRNA的种子序列或自由能结合方式进行miRNA与LncRNA可能结合位点的预测，并通过双荧光素酶实验进行验证。本期内容针对LncRNA的简介分类、功能、常用数据库、研究思路及功能调控等四大方面进行了详细介绍，希望对LncRNA研究方向...
左侧在“Target Sites”中点击“targetscan”,右侧即可显示Targetscan数据库中收录的相应miRNA与lncRNA结合位点。同理点击“RNAhybrid”与“miranda”也可显示相应的结果。 6 “Tools”功能 点击“Tools”可以看到LncACTdb 2.0数据库提供了四个小工具,包括“Function”,“Survival”,“Network”,“Get”。前三个功能同上文...
就可以通过snp查询miRNA以及lncRNA: 以及SNP位点的存在对miRNA与lncRNA结合的影响: 这个数据库可以帮我们提出科学假说:由于SNP位点的存在,导致lncRNA与miRNA之间的结合异常,从而导致lncRNA对miRNA的sponge吸附作用异常,进而与疾病的发生发展产生联系。 4. miRdSNP:/index.php 我们可以通过Gene,miRNA,SNP和疾病进行检索:...