七、DIANA-LncBase V2数据库 DIANA-LncBase V2数据库:来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,DIANA-LncBase:提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控LncRNA的信息。该网站可以预测lncRNA-miRNA结合可能性。 八、miRcode数据库 miRcode数据库:一个LncRNA转录组中推断的microRNA靶点图,当前版本...
通过分析TCGA和ENCODE数据库的数据,给出lncRNA相关的甲基化信息;⑦Variation将dbSNP数据库中的SNP位点映射到lncRNA上,同时提供来自COSMIC和ClinVar数据库的注释信息,以及1000G中的频率信息;⑧Interaction采用targetScan和miRanda两款软件预测lncRNA与miRNA的相互作用,取交集作为最终的结果,实验证据主要来自starbase数据库。
一般当ceRNA表达沉默时,mRNA则在miRNA介导的沉默复合体(RISC)作用下降解;而当ceRNA表达激活后,可竞争结合RISC复合物,降低miRNA抑制功能,上调靶基因的表达量。 ceRNA调控基因表达的机制图 通常可先以RNALocate数据库预测lncRNA的胞内定位,一旦通过实验验证该lncRNA定居于细胞质,那么ceRNA机制研究就是板上钉钉的事儿了。
长链非编码RNA(Long-noncoding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研究表明,lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA),与miRNA互作结合,形成ceRNA的竞争机制 以下是我们对数据的整理,通过数据库查询...
miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk 3.0数据库进行预测。 1.1miRWalk数据库简介 miRWalk(http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/)是一个综合性的miRNA靶基因数据库,不仅仅收录了Human、Mouse、Rat、Dog、cow等多个物种的miRNA靶基因信息,也将多个miRNA靶标预测数据库(miRD...
大家都知道,RNA世界有三宝:miRNA、lncRNA和circRNA。无论是其中哪一个,均有众多的科研者对其进行孜孜不断的探索与追求。老实说,这世上原本没有套路,只不过做的人多了,套路也就应运而生了。而lncRNA红火了这么些年,套路也是层出不穷,但其中最为经典的也无外乎以下几种套路。
LncRNADisease数据库整理了实验支持的lncRNA-疾病关联数据的资源,还整合了用于预测新型lncRNA-疾病关联的工具该数据,旨在提供人类lncRNA的全面功能注释。此外,LncRNADisease还可以在各种水平上促进lncRNA相互作用,包括蛋白质,RNA,miRNA和DNA,目前提供1564个人类lncRNAs对疾病的预测结果。
数据库功能及用途: 1. lncRNABase 数据库功能: View the predicted miRNA-lncRNA interactions by scanning lncRNA sequences overlapping with CLIP-Seq peaks for potential microRNA targets (miRanda/mirSVR) and then output the detailed information. Here, we list predicted miRNA-target interactions overlapped...
简单点,让circRNA-miRNA预测简单点~ 有因必有果,你的组织还得我 想不到吧想不到吧,circRNA也有二级结构 那一夜,有人问了我这个生信问题…… 集结号吹响!没钱猜的集美们火速集合! 这篇发生Cell的数据库到底特殊在哪里? 点开之前,我真没想到circRNA还能这么和m6A联动…… ...
在表达调控方面,最经典的还是转录因子调控以及miRNA调控。这个数据库使用GTRD来预测lncRNA的可能收到的转录因子调控作用,同时使用TargetScan来预测其miRNA调控的作用。 4 SNP调控 基因序列的改变也会影响这个基因的调控的,所以这个数据库通过GWAS数据库来寻找影响这个lncRNA的SNP,进一步的通过eQTL来评价哪些SNP对于这个lncRN...