预测lncRNA-miRNA结合数据库，不嫌多，不嫌多！1. DIANA-LncBase v2 2. LNCediting 3. NPInter v3.0 4. lncReg 5. LNCipedia v4.0 6. lncRNASNP 7. starBase v2.0 8. LncRNAMAP 以上就是到⽬前为⽌，可能进⾏lncRNA-miRNA结合预测的数据库。⼋⼤数据库，你是否...
LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
此处可以输入某一个特定LncRNA,检索其与转录因子的调控关系,也可以不输入任何分子,显示受该转录因子调控的所有LncRNA。这里我们就不输入了,直接点击右侧“Submit”,跳转到如下界面: 我们来阅读一下当前页面的内容。最上方的蓝色标签栏显示了人类hg38基因组上,在HUMHG00994细胞株中,转录因子CTCF调控的LncRNA,查看的是...
starbase是从高通量的CLIP-Seq实验数据和降解组实验数据中搜寻micorRNA靶标,提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标,包含了miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。总而言之,该数据库从多维测序数据中识别出超过110万个miRNA-ncRNA,250万个miRNA-mRNA,210万个RBP-R...
进入该模块可以发现该数据库预测可以有两种方式来看lncrna和mirna是否有结合可能性分别是基于实验基础的exprimentalmodule和纯预测的predictionmodule 一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具 DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,网址链接:/diana_tools/web/index.php?r=site...
通过这个数据库,我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息,但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式,只支持refseq Id,ensembl id和human body map项目中给出的lncRNA id。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...
网址链接:http://bioinfo.life./lncRNASNP/。该数据库除了能预测lncRNA上的SNP位点对其二级结构的影响外,还可以提供lncRNA-miRNA结合预测。 7. starBase v2.0 网址链接:http://starbase./。该数据库由中山大学开发,集合了108个CLIP-Seq数据,可对lncRNA-miRNA结合可能性进行预测。
lncRNA、circRNA鉴定及靶向关系预测常用的分析工具。 miRNA鉴定 去除低质量的数据,得到clean data后,还需要和Genebank、Rfam等数据库比对去除rRNA,scRNA,snoRNA,snRNA,tRNA等其它小RNA的tags,最后再进行miRNA的鉴定,鉴定包括寻找已有的miRNA和预测可能的新的miRNA。
根据其主页面列出了九大子菜单栏模块,我们就能知道该数据库内容极其丰富。下面,就为大家简单介绍一下本数据库几个常用的功能模块。 1.miRNA-Target 该功能模块主要是预测 miRNA 的靶基因。提供 miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRN...
根据其主页面列出了九大子菜单栏模块,我们就能知道该数据库内容极其丰富。下面,就为大家简单介绍一下本数据库几个常用的功能模块。 1.miRNA-Target 该功能模块主要是预测 miRNA 的靶基因。提供 miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA 和 miRNA-sncRNA 五种的相互作用网络。