它包含lncRNA中的SNP,SNP对lncRNA结构的影响,lncRNA的突变和lncRNA:miRNA结合。 7. 数据库名称:lnCAR 网址:lncar.renlab.org/explor 种属信息:人和小鼠 功能:中山大学肿瘤防治中心的任间教授和左志向副研究员合作在2019年Cancer Research发表的,这个数据库主要是整理来自GEO数据库中的10大类癌症大概60000个样本的...
一般当ceRNA表达沉默时,mRNA则在miRNA介导的沉默复合体(RISC)作用下降解;而当ceRNA表达激活后,可竞争结合RISC复合物,降低miRNA抑制功能,上调靶基因的表达量。 ceRNA调控基因表达的机制图 通常可先以RNALocate数据库预测lncRNA的胞内定位,一旦通过实验验证该lncRNA定居于细胞质,那么ceRNA机制研究就是板上钉钉的事儿了。
Starbase 数据库:Starbase V3.0提供miRNA调控LncRNA、假基因和circRNA的互作信息。 七、DIANA-LncBase V2数据库 DIANA-LncBase V2数据库:来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,DIANA-LncBase:提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控LncRNA的信息。该网站可以预测lncRNA-miRNA结合可能性。 八、...
LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
LncRNADisease数据库整理了实验支持的lncRNA-疾病关联数据的资源,还整合了用于预测新型lncRNA-疾病关联的工具该数据,旨在提供人类lncRNA的全面功能注释。此外,LncRNADisease还可以在各种水平上促进lncRNA相互作用,包括蛋白质,RNA,miRNA和DNA,目前提供1564个人类lncRNAs对疾病的预测结果。
lncRNASNP.收录的物种:Human,mouse。该数据库包含 SNP, lncRNA and miRNA sections。 链接:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP LncRNAWiki.收录的物种:human。该数据库是人工维护,实时更新,是对lncRNA信息的全面整合。 链接:http://lncrna.big.ac.cn/index.php/Ma...
通过这个数据库,我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息,但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式,只支持refseq Id,ensembl id和human body map项目中给出的lncRNA id。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...
(https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/)是一个综合性人类lncRNA数据库,新发布的2.0版本包含了95243个lncRNA基因及323,950个转录本的高质量集合,并从多组学层面对这些lncRNA基因进行了全面注释,包括进化保守性特征、多生物学场景下的表达谱和DNA甲基化谱、疾病/性状...
在表达调控方面,最经典的还是转录因子调控以及miRNA调控。这个数据库使用GTRD来预测lncRNA的可能收到的转录因子调控作用,同时使用TargetScan来预测其miRNA调控的作用。 4 SNP调控 基因序列的改变也会影响这个基因的调控的,所以这个数据库通过GWAS数据库来寻找影响这个lncRNA的SNP,进一步的通过eQTL来评价哪些SNP对于这个lncRN...
并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA，包括miRNA 11 - 14，在某些情况下有助于跨代表...