LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
进入exoRBase主页(exorbase.org/)可见数据库简介,exoRBase由复旦大学医学院上海肿瘤研究所黄胜林教授课题组于2018年发表在Nucleic AcidsResearch杂志,该数据库基于归一化处理的人类血液外泌体RNA-seq数据和已发表文献数据进行整合,旨在表征人类血外泌体中circRNA、lncRNA和mRNA表达及可视化结果、功能注释和可能的组织来源信...
预测lncRNA-miRNA结合数据库，不嫌多，不嫌多！1. DIANA-LncBase v2 2. LNCediting 3. NPInter v3.0 4. lncReg 5. LNCipedia v4.0 6. lncRNASNP 7. starBase v2.0 8. LncRNAMAP 以上就是到⽬前为⽌，可能进⾏lncRNA-miRNA结合预测的数据库。⼋⼤数据库，你是否...
该数据库由中科国学院生物物理所开发,包含了72万多个RNA-RNA结合数据,其中就包含lncRNA-miRNA结合预测。 4. lncReg 网址链接:http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/。该数据库对lncRNA和miRNA的结合信息预测是基于259个研究结果整理。因此,该数据库得到的lncRNA-miRNA,相比还是可靠性比较高的。友情提醒:该网站...
lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息,通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来 探究SNP位点对于lncRNA结构的影响 分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响 除此之外,还提供了lncRNA,SNP在TCGA数据库中的相关信息,比如lncRNA在各种肿瘤中的表达谱,SNP位点在各种疾病中的突变情况。该数据库...
ceRNA是近年来研究的非常火热的一种调控机制,指的是不同RNA分子竞争性的结合miRNA, 通过这种竞争关系来调控不同RNA的表达,这里的RNA...ceRNA文件内容示意如下通过该数据库,可以得到已有的ceRNA关系,更方便的是,由于数据库中已经存储了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之间的相互作用关系, 我们可以上传自己的表达谱数据 ...
lncRNASNP的构建图 IncRNASNP 是提供人、小鼠长链非编码RNA(lncRNA)中单核苷酸多态性(SNP)的全面资源的数据库。该数据库由华中科技大学研究人员开发的专门收录lncRNA和SNP关联信息的数据库,它包含lncRNA中的SNP位点,探究SNP对lncRNA结构的影响,lncRNA中的突变以及lncRNA:miRNA结合,分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合...
该数据库目前共收录92例血液样本,58330个circRNA、15501个LncRNA和18333个mRNA数据。点击Sample,可见其中包括健康对照者32例、冠状动脉心脏疾病患者6例、结直肠癌12例、肝细胞癌21例、胰腺腺癌14例、乳腺癌2例和全血样本5例。 点击FAQ,下拉至第7项可见该数据库整合的RNA-seq数据集,可通过GSE号在GEO数据库检索,或...
lncRNA人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结 The experimentally verified miRNA-mRNA pairs were downloaded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBa...
LncACTdb 3.0 是一个综合数据库,其中包含竞争性内源性 RNA (ceRNA) 和有助于精准医疗的相应个性化网络之间的实验支持相互作用。 背景介绍许多研究表明miRNAs受到存在有miRNA结合位点的lncRNAs,circRNAs,假基因等的调控,从而竞争性的影响miRNA与天然靶标mRNA的结合,即ceRNA调控机制。目前也有许多相关的数据库关注miRNA与其...