LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
给大家安利一个免疫相关lncRNA分析神器—ImmLnc 数据库 长非编码RNA(long croncoding RNAs,lncRNAs)是基因表达的重要调控因子,在免疫调节中发挥着重要作用,也是生信分析中的一个热点。但是,在免疫相关lncRNA的分析中,数据整理比较麻烦,相… 云生信学生物信息 R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 研究miRNA...
该数据库由中科国学院生物物理所开发,包含了72万多个RNA-RNA结合数据,其中就包含lncRNA-miRNA结合预测。 4. lncReg 网址链接:http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/。该数据库对lncRNA和miRNA的结合信息预测是基于259个研究结果整理。因此,该数据库得到的lncRNA-miRNA,相比还是可靠性比较高的。友情提醒:该网站...
预测lncRNA-miRNA结合数据库，不嫌多，不嫌多！1. DIANA-LncBase v2 2. LNCediting 3. NPInter v3.0 4. lncReg 5. LNCipedia v4.0 6. lncRNASNP 7. starBase v2.0 8. LncRNAMAP 以上就是到⽬前为⽌，可能进⾏lncRNA-miRNA结合预测的数据库。⼋⼤数据库，你是否...
lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息,通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来 探究SNP位点对于lncRNA结构的影响 分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响 除此之外,还提供了lncRNA,SNP在TCGA数据库中的相关信息,比如lncRNA在各种肿瘤中的表达谱,SNP位点在各种疾病中的突变情况。该数据库...
ceRNA是近年来研究的非常火热的一种调控机制,指的是不同RNA分子竞争性的结合miRNA, 通过这种竞争关系来调控不同RNA的表达,这里的RNA...ceRNA文件内容示意如下通过该数据库,可以得到已有的ceRNA关系,更方便的是,由于数据库中已经存储了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之间的相互作用关系, 我们可以上传自己的表达谱数据 ...
lncRNA人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结 The experimentally verified miRNA-mRNA pairs were downloaded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBa...
LncACTdb 3.0 是一个综合数据库,其中包含竞争性内源性 RNA (ceRNA) 和有助于精准医疗的相应个性化网络之间的实验支持相互作用。 背景介绍许多研究表明miRNAs受到存在有miRNA结合位点的lncRNAs,circRNAs,假基因等的调控,从而竞争性的影响miRNA与天然靶标mRNA的结合,即ceRNA调控机制。目前也有许多相关的数据库关注miRNA与其...
应用STRING数据库构建这些DEGs对应的功能性蛋白关联网络,并通过cytoscape软件中cytohubba插件计算出中枢差异性表达基因,从而进一步探寻我们需要的关键基因.同时应用miRTarbase,m RWALK,starbase等数据库预测已经筛选出来的关键DEGs上游的关键miRNA和关键lncRNA并通过oncolnc及GEPIA网站进行生存分析,以证实同时也筛选出我们最终想要...
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