虽然CHIP-Seq已经有近20年的历史,然而由于基因组上基因的结构非常复杂,不同注释软件在具体细节处理上往往不同,从而导致同一批数据,用不同的软件进行注释,获得的结果略有不同(大同小异)。 注释到转录本还是注释到基因? 由于一个基因可能包含多个转录本,因此,我们在注释的时候,到底是注释到基因水平还是注释到转录本...
2. ChIP Peaks 在上一节中,我们回顾了如何使用 MACS2 等峰值调用程序识别假定的转录因子结合位点。 代码语言:javascript 复制 library(GenomicRanges)macsPeaks<-"data/peaks/Mel_1_peaks.xls"macsPeaks_DF<-read.delim(macsPeaks,comment.char="#")macsPeaks_GR<-GRanges(seqnames=macsPeaks_DF[,"chr"],IRange...
ChIP-Seq数据挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤 ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据 ChIP-...
不同ChIP-seq的功能,一图胜千言:【我们用了第一行和最后一行,效率最高】 不同表观注释的比较: 待续~ 快速使用epigenomic annotations data: 有个叫做baseline_v1.1的文件,里面包含了各种整理好的表观注释数据。 https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/LDSCORE/baseline_v1.1_bedfiles.tgz 1. ~/project2...
“Pig genome functional annotation enhances the biological interpretation of complex traits and human disease”的研究论文,该研究通过对猪的肠相关组织(胃、空肠、十二指肠、回肠、结肠、盲肠)进行ChIP-seq、ATAC-seq、RRBS、RNA-seq等实验,对猪基因组的系统功能注释显著增强了对猪复杂性状和人类疾病遗传控制的理解...
ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包,应用范围不局限于ChIP-seq,还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释,它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也对它有了更深刻的了解! 大家如果有什么想学习的可以在后台联系小编哦!慢慢给大家安排上!
这个过程叫做富集峰注释(peakannotation,图2)。如果仅关注某几个区域,就不需要用软件注释,建议直接用IGV或者UCSC Genome Browser查看。 富集峰注释的难点 虽然CHIP-Seq已经有近20年的历史,然而由于基因组上基因的结构非常复杂,不同注释软件在具体细节处理上往往不同,从而导致同一批数据,用不同的软件进行注释,获得的...
3. 基因注释 由于转录因子,如名称所示,可能调节其靶基因的转录,我们使用 ChIPseeker 包将代表潜在转录因子结合事件的峰与其重叠或最接近的 mm10 基因相关联。 library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(ChIPseeker)peakAnno<-annotatePeak(macsPeaks_GR,tssRegion=c(-1000,1000),TxDb=TxDb.Mmusculus.UCSC....
这个过程叫做富集峰注释(peak annotation,图2)。如果仅关注某几个区域,就不需要用软件注释,建议直接用IGV或者UCSC Genome Browser查看。 富集峰注释的难点 虽然CHIP-Seq已经有近20年的历史,然而由于基因组上基因的结构非常复杂,不同注释软件在具体细节处理上往往不同,从而导致同一批数据,用不同的软件进行注释,获得的...
这个过程叫做富集峰注释(peak annotation,图2)。如果仅关注某几个区域,就不需要用软件注释,建议直接用IGV或者UCSC Genome Browser查看。 富集峰注释的难点 虽然CHIP-Seq已经有近20年的历史,然而由于基因组上基因的结构非常复杂,不同注释软件在具体细节处理上往往不同,从而导致同一批数据,用不同的软件进行注释,获得的...