利用HEK293和HCT116细胞系中GR和TET2的共有靶基因以及CRC差异表达基因(DEGs)进行药物再定位;在表达GR水平不同的CRC细胞系(即HCT116和HT29细胞系)中进行细胞迁移和侵袭实验,地塞米松(Dex)处理导致两个表达GR水平不同的CRC细胞系的细胞迁移率出现显著差异。
确定转录因子的结合位点:识别转录因子直接调控的靶基因,进而分析这些基因在特定生物过程中的功能。 分析转录因子的结合偏好:比较不同转录因子在基因组上的结合模式,揭示它们对DNA序列的偏好性。 研究转录因子的协同作用:多个转录因子可能共同调控同一基因的表达。分析不同转录因子之间的相互作用,揭示它们在基因表达调控中的...
Fig. 1 三种细胞系中GRHL2的ChIP-seq靶基因情况 在三种细胞系中GRHL2的motif与ER⍺结合MEME-ChIP中的结果相对吻合;基于已发表的GRHL2与ER⍺、FOXA1和GATA3在靶基因motif的比较,热图可视化显示GRHL2峰值集中在GRHL2的motif[AACCGGTT]处 (图2b)。GRHL2峰仅显示ER⍺[AGGTCAnnnTGACCT]的微弱相关,FOXA1基序[TGTTT...
一、转录因子与把基因互作 在一文详解转录因子研究策略(上)中,小源着重从转录因子的筛选及鉴定、转录因子功能验证这两个方面进行了详细阐述。本次,小源将继续带大家深入了解剩下的两部分内容(转录因子与靶基因互作、转录因子与其他转录因子或蛋白互作)。
(5)Belinostat处理诱导与癌症转移相关的靶基因下调。 图5 比较迁移(under-layer)细胞系模型中692个上调基因。 易小结: 本研究通过多学科方法整合分子生物学、转录组学、表观遗传学和药物发现,揭示了GCs通过GR和TET2的共同调控促进CRC转移的分子机制,并提出了belinostat作为潜在的辅助治疗手段,并为CRC的新药开发提供了...
此外,这些假定的靶基因的表达可以通过RNA-seq、芯片或qPCR进一步验证。从ChIP-seq数据中搜索结合位点的共同基序可能会识别出TF的顺式调控元件,例如PRRs和PIFs的G-box (CACGTG),CCA1的EE (AAATATCT)。 2.2 全基因组组蛋白标记检测 组蛋白标记(如甲基...
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。
2023年12月20日,广东省农业科学院农业生物基因研究中心种子表观遗传刘军研究团队在The Plant Journal上发表题为“OsJMJ718, a histone demethylase gene, positively regulates seed germination in rice”的研究论文。研究揭示了组蛋白去甲基化酶OsJMJ718介导靶基因上的H3K9me3去甲基化影响ABA和乙烯信号转导途径调节水...
RNA-seq和ChIP-seq测序:分析GR和TET蛋白的共有靶基因。 药物再定位:利用Connectivity Map数据库,基于GR和TET2共有靶基因进行药物再定位分析。 结果图形 (1)GR表达作为糖皮质激素诱导细胞迁移的中介及其对结直肠癌患者生存的影响;与GC促进CRC细胞迁移相关的GR相关基因程序。