通过这个例子我们可以看到，如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么，可以用ChIP-seq的方法，筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子，用到的方法是ChIP-qPCR（本文献中写的是ChIP-PCR）的方法哦！5.3ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子（TFs）的结合位点和基因表达。对...
ChIP-seq结果在24h时期发现了HMGB2的一系列靶基因,包括ATF4、Fos、C/EBPβ等(图5. f)。利用RNA-seq和ChIP-seq数据韦恩图筛选24h基因,下调的差异表达基因与ChIP-seq数据联合分析,仅在24h时期与HMGB2结合的基因共有20个,包括C/EBPβ、Fos、KLF4等。在上调基因中,有19个基因在24h与HMGB2结合,但它们不涉及脂质...
与WT对照相比,OdisA菌株中约99% peaks表现出在DasR靶标启动子处ChIP-seq peaks高度增强,证实OdisA菌株中占有率升高(图3b)。总体而言,通过可视化和验证在高c-di-AMP水平暴露下相关基因的代表性结果,展示个别基因水平上ChIP-seq peaks值变化(图3c)。对增强结合信号基因进行GO和KEGG通路分析,表明在抗生素生物合成过程、...
筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感兴趣目标区域的可视化展示 CHIP-seq&转录组学关联分析:Meta genes整体关联、peak关联基因与DEG对应关联、目标区域和靶基因的筛选 后期视情况是否需要下游实验设计验证TF结合/组...
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发...
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。
此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路(点击查看详情),进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ...