通过这个例子我们可以看到，如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么，可以用ChIP-seq的方法，筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子，用到的方法是ChIP-qPCR（本文献中写的是ChIP-PCR）的方法哦！5.3ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子（TFs）的结合位点和基因表达。对...
将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化...
筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感兴趣目标区域的可视化展示 CHIP-seq&转录组学关联分析:Meta genes整体关联、peak关联基因与DEG对应关联、目标区域和靶基因的筛选 后期视情况是否需要下游实验设计验证TF结合/组...
随后,作者在肝组织中进行了STAT3的ChIP-seq实验,探究STAT3转录调控的参与调节肝脏糖脂代谢的相关靶基因。通过分析筛选得到63个靶标基因,重点关注糖脂代谢和GLUT4转运(图3A)。ChIP-seq的结果显示VAV3受STAT3的直接调控,根据GO和KEGG数据库,VAV3作为一种GEF蛋白与代谢相关,该蛋白可以激活Rho GPTase来调节GLUT4的运输(...
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。
HSFA8 Enhances the Heat Tolerance of Eggplant by Regulating the SmEGY3-SmCSD1 Module and Promoting SmF3H-mediated Flavonoid Biosynthesis”中在得到DAP-Seq筛选到的基序后,利用凝胶迁移实验(EMSA)、酵母单杂交(Y1H)、双荧光素酶报告(DLR)等实验结果验证,SmHSP21、SmHSP70、SmHSP70B是SmHSFA8的下游靶基因。
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 本期易基因小编为您介绍ChIP-seq的主要研究方向、研究思路(前期探索性实验、数据挖掘思路、下游实验设计)、并聚焦ChIP-...
1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，进一步分析结合位点的保守motif；2、确定转录因子调控的下游基因。Histone ChIP-seq适用场景：1、确定全基因组区域内组蛋白修饰位点情况；2、检测同一种组蛋白修饰在不同实验处理或不同发育时期的修饰差异，再结合转录组数据，考察该种组蛋白修饰对基因表达的调控作用；3、...
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。
(4):343-348.基于ChIP⁃seq 筛选睾丸支持细胞中雄激素受体 靶基因初步研究 邓 琼, 王 铸, 张 颖, 孙 睿, 张建文, 梁 辉 (南方医科大学附属深圳龙华人民医院,广东深圳 518109)摘 要:雄激素及其受体在精子发生中有重要作用㊂寻找并鉴定更多雄激素及其受体的靶基因,对 阐明雄激素及其受体介导精子...