3、将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组蛋白修饰的。而且二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特征峰: 组蛋白修饰结合的特征峰: 当然我们也可以使用,UCSC基因组浏览器显示。 三、影响测序结果的因素 1、免疫共沉淀的影响 高...
运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化和文库构建,然后进行高通量测序,通过将获得的数据与参考基因组精确比对,研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系,也可对多个样品进行差异比较。 应用方向: ChIP 用来...
运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化和文库构建,然后进行高通量测序,通过将获得的数据与参考基因组精确比对,研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系,也可对多个样品进行差异比较。 应用方向: ChIP 用来...
1.参考基因组 1.1 fasta文件 在/u2/new2020barley/barley_annotion 这个位置 image.png 1.2 gff文件 在/u2/new2020barley/barley_annotion/gene_annotation_morex_v2/mascher_IPK-GATERSLEBEN.DE/barley_annotation_morexv2/gene_annotation 这个位置 image.png ...
DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化和文库构建,然后进行高通量测序,通过将获得的数据与参考基因组精确比对,研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组...
通过测序获得的 DNA 片段被映射到参考基因组上。实际上,这些 DNA 片段是随机的。当靶蛋白结合的片段数量增加时,测序得到的数据量也会增加。因此,在特定位置检测到的 DNA 片段堆叠高度会随之增加。相反,如果在该位置没有蛋白结合,DNA 片段堆叠就会非常低。这些 DNA 片段的堆叠被称作峰(Peak)。在下图中,红色和蓝色...
GC 峰偏差。反映免疫沉淀和PCR扩增过程中的偏好,通常ChIP-seq数据的GC峰值与参考基因组相似。(例如,人类约为50%)。GC偏差(例如,人类超过60%)经常由于PCR扩增偏好和/或来自与CpG岛相关的“超富集”区域的假阳性峰而表现出来。 图2:使用 ROADMAP组蛋白修饰数据的QC 分析。(A)六个组蛋白修饰和input样本的四个QC...
过滤后的数据需要比对至参考基因组,基因组上与目标蛋白结合的DNA片段会有大量reads比对上去,从而形成“峰”(peak),根据峰的位置即可判断基因组的哪些区域与目标蛋白进行列结合。 如比对采用bowtie2,该软件可快速将短序列比对至参考基因组。比对完成后,对结果文件进行以下过滤: ...
由于ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对,我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2. 参考基因组生成 首先,我们需要以 FASTA 格式检索感兴趣的基因组的序列信息。我们可以使用 BSgenome 库来检索完整的序列信息。对于小鼠 mm10 基因组,我们加载包 BS...