3、将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组蛋白修饰的。而且二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特征峰: 组蛋白修饰结合的特征峰: 当然我们也可以使用,UCSC基因组浏览器显示。 三、影响测序结果的因素 1、免疫共沉淀的影响 高...
由于ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对,我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2. 参考基因组生成 首先,我们需要以 FASTA 格式检索感兴趣的基因组的序列信息。我们可以使用 BSgenome 库来检索完整的序列信息。对于小鼠 mm10 基因组,我们加载包 BS...
5.计算基因组的有效大小 大麦基因组大小为4.2e9 #coding=utf-8importsys aList=[]fa_file=sys.argv[1]withopen(fa_file,'r')asf:forlineinf:line=line.strip()line=line.upper()ifnot line.startswith(">"):baseA=line.count("A")baseT=line.count("T")baseC=line.count("C")baseG=line.count(...
通过测序获得的 DNA 片段被映射到参考基因组上。实际上,这些 DNA 片段是随机的。当靶蛋白结合的片段数量增加时,测序得到的数据量也会增加。因此,在特定位置检测到的 DNA 片段堆叠高度会随之增加。相反,如果在该位置没有蛋白结合,DNA 片段堆叠就会非常低。这些 DNA 片段的堆叠被称作峰(Peak)。在下图中,红色和蓝色...
由于ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对,我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2. 参考基因组生成 首先,我们需要以 FASTA 格式检索感兴趣的基因组的序列信息。我们可以使用 BSgenome 库来检索完整的序列信息。对于小鼠 mm10 基因组,我们加载包 BS...
DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化和文库构建,然后进行高通量测序,通过将获得的数据与参考基因组精确比对,研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组...
首先第一步都是根据参考基因组建索引:bwa index genome.fa 当长度小于70bp时: 针对于单端数据:bwa aln -t 4 -f file.sai genome.fa file.fastq bwa samse -n 1 -f file.sam genome.fa file.sai file.fastq 针对于双端数据:bwa aln -t 4 -f file1.sai genome.fa file1.fastq ...
DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化和文库构建,然后进行高通量测序,通过将获得的数据与参考基因组精确比对,研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组...
DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化和文库构建,然后进行高通量测序,通过将获得的数据与参考基因组精确比对,研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组...