Peak calling用MACS寻找基因组中大量短读片段富集的区域。实际上表观组学的数据都会用到Peak calling这个概念,都是抓取特定区域的DNA片段,通过测序定量地看这些区域的reads数量,得到Peak 在基因组上的位置信息、peak 富集信息等等 测序得到的 DNA 片段匹配映射到参考基因组,这些DNA片段其实是随机的,靶蛋白结合的片段越...
有ChIP-seq测序或组学研究需要的老师可联系易基因:0755-28317900。
一文秒变表观大佬,Chip-seq与ATAC-se 今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究...
2)阴性对照:用普通的IgG做为抗体,理论上不会ChIP下来任何DNA片段,因此作为阴性对照,但是由于非特异结合,或者实验过程中,没发生结合的DNA清除不完全,可能也会出现条带。目前,做ChIP-seq,其阴性对照组不会做后续高通量测序,一般Qbit检测不到DNA浓度即判断为阴性对照结果良好。 Q7抗体如何选择? 一定要选择ChIP-seq级...
染色质免疫沉淀-测序(Chip-sequencing,简称 Chip-seq)用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀(Chip)和高通量 DNA 测序,旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点,从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前,Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 遗传变异可以通过改变调控元件来改变基因表达,从而影响复杂性状。然而,影响猪调控元件活性的遗传变异很大程度上未知,这些变异在多大程度上影响基因表达和助力理解复杂表型仍不清楚。 2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 遗传变异可以通过改变调控元件来改变基因表达,从而影响复杂性状。然而,影响猪调控元件活性的遗传变异很大程度上未知,这些变异在多大程度上影响基因表达和助力理解复杂表型仍不清楚。 2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录...