第二十节:系统学习linux操作系统 chipseq全流程分析以nature文章为例 包括质控 上数据比对 、MACS2、IGV进行可视化 第二十一节:chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找 第二十二...
单细胞双疾病联合bulk转录组测序GSEA富集分析CIBERSORT免疫浸润 5 -- 0:13 App 单细胞测序研究数据挖掘分析 转录组RNA scRNAseq 二代测序自 9968 4 1:45 App 美女大学生口腔检查 141 -- 0:13 App 张景明2023讲透中药方剂中医辩证二十四节气黄帝内经 9659 -- 0:13 App 精简国学～十神在各柱中的含义汇...
但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
医学科研临床系统跟着18篇CNS文章学单细胞多组学分析(含空间转录组、chipseq、RNAseq、Atacseq和外显子医学会员免费学 0 0 2023-04-13 23:16:41 未经作者授权,禁止转载 您当前的浏览器不支持 HTML5 播放器 请更换浏览器再试试哦~点赞投币收藏分享学习...
chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因… Beccaliii ChIP-seq 数据分析实战 (4月18日-4月22日) 科易课堂 经验分享:想知道你的ChIP为啥总做不好嚒? 普拉特泽生...发表于生物医学科......
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
该研究通过ChIP-seq、CUT&Tag、m1A MeRIP-seq、RNA-seq、LC-MS等多组学联合分析,揭示了在眼部黑色素瘤中组蛋白乳酸化能够导致ALKBH3表达增加,m1A修饰特异性降低,进而降低急性早幼粒细胞白血病蛋白(PML)聚集并促进肿瘤恶化。总体而言,研究结果表明依赖ALKBH3的m1A去甲基化对于PML核体的形成至关重要,提供了一种新...
03CUT&Tag单细胞多组学研究 图3.scCUT&Tag+scRNA-seq技术Paired-Tag总概（From Zhu C, et al. Nat Methods. 2021）04CUT&Tag多靶点研究 图4.CUT&Tag2for1实验流程及结果展示（From Janssens DH, et al. Genome Biol. 2022）拥有这么多技能的CUT&Tag技术，你会选择么？翌圣CUT&Tag试剂盒优势翌圣CUT&...
由于我们研究目的不一样,通常我们不需要覆盖到全基因组,所以就有了各种针对性的组学技术,也就是我们需要明白的! 2 理概念 理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。