第二十节:系统学习linux操作系统 chipseq全流程分析以nature文章为例 包括质控 上数据比对 、MACS2、IGV进行可视化 第二十一节:chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找 第二十二...
但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因… Beccaliii 做实验 | ChIP实验技术进阶篇,大神带你飞! 东澳生物发表于东澳生物 ChIP-seq 数据分析实战 (4月18日-4月22日) 科易课堂打开知乎App 在「我的页」右上角打开扫一扫 其他扫码方式:微信 ...
组蛋白甲基化:H3K4me3 ChIP-seq技术在表观遗传学中的作用/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/高 26 -- 0:21 App 基因功能分析:DAP-seq与H3K4me3 ChIP-seq的协同效应/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/ 28 -- ...
易基因提供全面的表观基因组学(DNA甲基化、DNA羟甲基化)和表观转录组学(m6A、m5C、m1A、m7G)、染色质结构与功能组学技术方案(ChIP-seq、ATAC-seq),详询易基因:0755-28317900. 参考文献: Ling Z, Li J, Jiang T, Zhang Z, Zhu Y, Zhou Z, Yang J, Tong X, Yang B, Huang L. Omics-based constru...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
该研究通过ChIP-seq、CUT&Tag、m1A MeRIP-seq、RNA-seq、LC-MS等多组学联合分析,揭示了在眼部黑色素瘤中组蛋白乳酸化能够导致ALKBH3表达增加,m1A修饰特异性降低,进而降低急性早幼粒细胞白血病蛋白(PML)聚集并促进肿瘤恶化。总体而言,研究结果表明依赖ALKBH3的m1A去甲基化对于PML核体的形成至关重要,提供了一种新...
03CUT&Tag单细胞多组学研究 图3.scCUT&Tag+scRNA-seq技术Paired-Tag总概（From Zhu C, et al. Nat Methods. 2021）04CUT&Tag多靶点研究 图4.CUT&Tag2for1实验流程及结果展示（From Janssens DH, et al. Genome Biol. 2022）拥有这么多技能的CUT&Tag技术，你会选择么？翌圣CUT&Tag试剂盒优势翌圣CUT&...
ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序,是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰等表观遗传学的研究提供有效方法。