将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白,进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。理论上,只要抗体设计的好,与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。 我们一般用 ChIPseq 检测转录因子的结合,以及检测组蛋白修饰,二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合
这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组蛋白修饰的。而且二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特征峰: 组蛋白修饰结合的特征峰: 当然我们也可以使用,UCSC基因组浏览器显示。 三、影响测序结果的因素 1、免疫共沉淀的影响 高效特异性抗体 起始物料量 ChIP DNA产量取决于多种因素 细胞类型 标...
接下来，我们进入数据分析环节。这一步骤的目的是从测序数据中提取出生物学见解。首先，我们需要将序列读数映射到参考基因组上，以确定每个DNA片段的基因组来源。▲ 序列读数映射与峰检测 例如，假设我们的实验目标是量化蛋白质A的结合位点。由于ChIP-seq实验中，与蛋白质A结合的DNA区域会产生集中的读数，因此，这些集...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...
转录因子靶点检测 超级增强子鉴定 诺禾优势 1. 实验稳定 诺禾ChIP-seq可稳定获得全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段,分析组蛋白修饰及表观遗传修饰的信息。 2. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、斑马鱼、酵母、水稻、拟南芥、玉米、烟草、棉花等物种进行ChIP-seq分析,助力 客户在Cell...
在不同物种的实验证据表明,脆性核小体占据了基因启动子和转录终止位点,而脆性核小体只在MNase浓度较低且消化时间较短的情况下才能被检测出来,因此很难将脆弱核小体量化到稳定核小体的相对丰度。 超声打断则不如酶裂解法温和,而且由于打断的不均匀性,导致测序结果背景噪音高,影响后续数据分析。由于文章篇幅限制,在...
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。 结合高通量的新一代测序技术,通过对染色质免疫共沉淀(ChIP)富集得到的DNA片断进行大规模测序,...
免疫共沉淀:ChIP..ChIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/DNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和DNA测序技术,对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白/DNA,进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白
1. 基因集检测 转录因子或表观遗传标记可能作用于按共同生物学特征(共享生物学功能、RNAseq 实验中的共同调控等)分组的特定基因组。 ChIPseq 分析中的一个常见步骤是测试常见基因集是否富含转录因子结合或表观遗传标记。 精心策划的基因集的来源包括 GO 联盟(基因的功能、生物过程和细胞定位)、REACTOME(生物途径)和...
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空...