chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因… Beccaliii ChIP-seq 数据分析实战 (4月18日-4月22日) 科易课堂 经验分享:想知道你的ChIP为啥总做不好嚒? 普拉特泽生...发表于生物医学科......
ChIP-seq是染色质免疫沉淀测序的缩写。从根本上说,ChIP-seq 是对与正在研究的 DNA 结合蛋白共沉淀的基因组 DNA 片段进行测序。以这种方式最常研究的 DNA 结合蛋白是转录因子(例如,p53 或 NFκB)、染色质修饰酶(例如,p300、组蛋白去乙酰化酶)、与基因组 DNA 相互作用的修饰组蛋白(例如,组蛋白 3 三甲基化赖氨...
ChIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/DNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和DNA测序技术,对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白/DNA,进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/DNA互作组数据检测,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异研究。因此,ChIP-Seq是研究细胞内蛋...
文章通过结合 RNA-seq,ChIP-qPCR,ChIP-seq 等实验方法,检测了正常上皮细胞和不同乳腺癌中的内源性 BRD4 蛋白亚型,发现 BRD4-S 和 BRD4-L 在乳腺肿瘤进展期间各自具有独特甚至相反的生物学功能作用。BRD4-S 促进癌细胞生长和转移;相反,BRD4-L 抑制肿瘤进展并限制癌细胞转移到某些器官/组织的转移潜能,部分是因为...
单细胞ChIP-seq技术是个啥？ChIP全称为Chromatin immunoprecipitation，中文名称染色质免疫沉淀技术，该技术可...
模式与非模式物种:DAP-seq技术的广泛应用/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/高通量测序/转基因/SCI 10 -- 0:26 App 基因组研究的平民化:DAP-seq技术的普及/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/高通量测序/转基因...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于...
ChIP-Seq技术高质量、高通量、低成本的数据产出,为表观遗传组学研究奠定了技术基础。研究者可以在以下几方面展开研究:(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;(4)CTCF转录因子研究。 ChIP-Se...
文章主要作者曾于2009年开发的SICER算法【1】是ChIP-seq弥散信号分析和检测组蛋白修饰类“宽峰”(broad peak)的有效生物信息学工具。在SICER基础上,作者在RECOGNICER中使用新模型识别ChIP-seq信号的多尺度聚集,适用于寻找基因组上更宽的信号富集区域。目前...
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于 转录因子结合位点 或 组蛋白 特异性 修饰位点的研究。（1）甲醛交联整个细胞系（组织），即将目标蛋白与染色质连结起来；（这一步一般会检测下交联情况）（2）分离基因组...