这样,我们就得到了文章中常见的 Chip-seq 峰图,其中 y 轴表示映射到的片段拷贝数,代表 Chip-seq 的信号强度,而 x 轴表示基因组坐标。 Chip-seq 的应用 确定蛋白质-DNA 结合位点:利用特异性抗体捕获蛋白质(例如组蛋白或转录因子),Chip-seq 能够揭示这些蛋白质在基因组上的结合区域 精确定位 RNA polymerase II...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞使目...
染色质免疫沉淀-测序(Chip-seq),是表观遗传最常用的技术,用于深入探索蛋白质与DNA之间的相互作用。它通过整合染色质免疫沉淀(Chip)和高通量测序技术,能够精准地识别全基因组范围内与DNA结合的蛋白质位点,从而绘制出目标蛋白的结合图谱。 目前,Chip-Seq的研究主要聚焦于两大领域:一是转录因子的调控机制,二是组蛋白的...
ChIP-seq介绍 【摘要】随着高通量测序技术的发展以及测序成本不断降低,染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq被广泛使用。 随着高通量测序技术的发展以及测序成本不断降低,染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq被广泛使用。ChIP-seq通常需要数百万个细胞,染色质免疫共沉淀和测序文库制备包含多个实验步骤,研究人员...
染色质免疫共沉淀测序技术(Chromatin Immunoprecipitation followed by Sequencing,ChIP-Seq)面世于2007年,现在已经成为在全基因组范围内分析转录调控和表观遗传学机制的实验标准。染色质免疫共沉淀测序技术是将染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与新一代测序技术(Next Generation Sequencing)相结合,他的实...
ChIP测序 1 ChIP测序 ChIP-seq(Chromatinimmunoprecipitationandhigh-throughputsequencing)是将染色质免疫沉淀与高通量 测序相结合的技术,通过蛋白免疫相互作用,用抗体把和染色质相互作用的蛋白(如组蛋白、转录因子等) 沉淀下来,捕捉到细胞内动态的、瞬时的蛋白质与DNA之间的相互作用,从而所获取与其相结合的DNA ...
CHIP-SEQ CHIP-SEQ技术,即染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术。它是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,还可以用来研究转录因子与基因表达的关系。通过高通量测序,可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布,得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。ChIP-Seq的原理:首先通过染色质免疫共沉淀技...
ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。