这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组蛋白修饰的。而且二者有着截然不同的峰形: 转录因子结合的特征峰: 组蛋白修饰结合的特征峰: 当然我们也可以使用,UCSC基因组浏览器显示。 三、影响测序结果的因素 1、免疫共沉淀的影响 高效特异性抗体 起始物料量 ChIP DNA产量取决于多种因素 细胞类型 标...
(1)目标基区域转录因子结合/组蛋白修饰的验证:CHIP-qPCR (2)检测目标基因的mRNA表达水平:RT-qPCR (3)检测目标基因蛋白质表达水平:Western blot 02、转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 (1)转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰:基因的突变/敲降/敲除/过表达、相关...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ChIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/DNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和DNA测序技术,对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白/DNA,进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/DNA互作组数据检测,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异研究。因此,ChIP-Seq是研究细胞内蛋...
(3)检测目标基因蛋白质表达水平:Western blot 二、转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 (1)转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰:基因的突变/敲降/敲除/过表达、相关蛋白的抑制剂 (2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq ...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...
ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证要点:(1)实验设计:尽量进行实验组别设计和生物学重复检测,提高后续验证的阳性率。常规过表达单组(Ab IP vs IgG IP);动态互作组学(实验组vs对照组vs IgG组)。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以ChIP-Seq数据进行互作组标准分析,则需要3-4组生物学重复;如果后续以寻找关键互作DN...
1.高灵敏度:即使转录因子在基因组中的表达水平较低,ChIP-seq也能有效地检测到其结合位点。 2.高特异性:由于使用特定抗体识别目标转录因子,ChIP-seq实验具有较高的特异性。 3.全局视角:ChIP-seq可以揭示转录因子在整个基因组中的结合模式,有助于研究转录因子在不同生理条件下的功能。 4.适用于不同类型生物:ChIP...
【答案】： 染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区...
使用抗体表征检测的流程图。 ChIP 实验设计指南 (1)测序和文库复杂性 对于每个哺乳动物基因组的ChIP-seq点源库,ENCODE的目标是在每次重复中获得≥10M唯一比对reads,以及目标NRF(非冗余分数)≥0.8。modENCODE点源因子的相应目标是每次重复获得≥2M唯一比对reads,≥0.8 NRF。果蝇中的广源ChIP-seq,modENCODE目标reads是...