chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因… Beccaliii ChIP-seq 数据分析实战 (4月18日-4月22日) 科易课堂 经验分享:想知道你的ChIP为啥总做不好嚒? 普拉特泽生...发表于生物医学科......
ChIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/DNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和DNA测序技术,对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白/DNA,进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/DNA互作组数据检测,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异研究。因此,ChIP-Seq是研究细胞内蛋...
那么ChIP-seq实际上也就是染色质免疫共沉淀+二代测序的一个过程。ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况...
ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。 (2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...
ChIP-seq ChIP-Seq •染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是指对染色质免疫共沉淀（ChIP）获得的DNA片段进行大规模测序，并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。•RocheGSFLXTitanium、IlluminaSolexaGAIIx和ABSOLID4这3种测序技术均可以用于ChIP-seq，其中采用IlluminaSolexaGAIIx进行ChIP-Seq已有较多文献...
ChIP-seq技术在科研领域有着广泛应用，例如通过交联染色质免疫沉淀（X-ChIP）、自然染色质免疫沉淀（N-ChIP）等方案进行实验设计。ChIP-seq实验设计需考虑偏差来源与对照样本设置，以确保数据的准确性和可靠性。ChIP-seq项目的成功关键在于抗体质量、测序数据量以及生物学重复。高质量的抗体、足够的测序数据...
seq-DAP-seq和RNA-seq数据的组合,能够鉴定出ChIP-seq实验中可能不存在的已知和潜在的新直接靶标。与ChIP-seq相比,seq-DAP-seq可以在单碱基水平上检测基因组结合位点的位点间距,从而提高TF-DNA互作检测的准确性。
1、 DNA亲和纯化测序(DAP-seq):高通量检测转录因子或DAN结合蛋白在基因组上的结合位点。 2、 酵母单杂交:DAP-seq后续验证服务。 3、 EMSA:验证蛋白和DNA是否结合,可用于DAP-seq的后续验证。 4、 DAP-seq与RNA-seq联合分析: 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化,深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据...