染色质免疫沉淀-测序(Chip-sequencing,简称 Chip-seq)用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀(Chip)和高通量 DNA 测序,旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点,从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前,Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。 Chip(染...
插图为HepG2细胞的MAFK数据集的peaks数据,该数据集是目前测序最深的ENCODE ChIP-seq数据集(由于相对于其他数据集的reads明显较大,因此单独显示)。数据集由细胞系和转录因子(例如细胞系HepG2,转录因子MAFK)表示。 (C) 随着测序深度的增加,新calling peaks值的富集倍数变化。每增加2.5M唯一比对reads,计算新calling p...
诺禾致源ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。 关联分析 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转...
图3:测序深度决定peaks数。 (A) 11个ENCODE ChIP-seq数据集,使用Peak-seq(0.01%FDR截止值)calling的peaks数。 (B) peaks calling和唯一比对reads数之间的关系,为11个ChIP-seq数据集calling peaks数。插图为HepG2细胞的MAFK数据集的peaks数据,该数据集是目前测序最深的ENCODE ChIP-seq数据集(由于相对于其他数据...
ChIP-Seq测序与分析是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶...
测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说,测序的原始读取首先通过Fastqc(www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/)或Fastx-toolkit(http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/)进行质量控制,以去除接头和其它污染序列,然后使用short-read绘图程序,如Bowtie(http://bowtiebio.sourceforge...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀(ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的结...
ChIP-Seq测序 是将染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序相结合的表观遗传研究技术,能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 ChIP-seq Assay Kit for Histone Methylation(Laboratorytalk,2016)...
ChIP-seq是染色质免疫沉淀测序的缩写。从根本上说,ChIP-seq 是对与正在研究的 DNA 结合蛋白共沉淀的基因组 DNA 片段进行测序。以这种方式最常研究的 DNA 结合蛋白是转录因子(例如,p53 或 NFκB)、染色质修饰酶(例如,p300、组蛋白去乙酰化酶)、与基因组 DNA 相互作用的修饰组蛋白(例如,组蛋白 3 三甲基化赖氨...