但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
从任一端/两端测序。 2. 数据格式 原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序...
从任一端/两端测序。 2. 数据格式 原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。
首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说,测序的原始读取首先通过Fastqc(www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/)或Fastx-toolkit(http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/)进行质量控制,以去除接头和其它污染序列,然后...
.gz后缀是表示压缩文件,可以用gzip命令解压。一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R1.fg.gz out.R2.fg.gz ...
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP )也称结合位点分析法,研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种方法,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术 ,能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。
对ChIP测序(ChIP-seq)数据的分析显示了×20的基因组覆盖深度。 绘制基因组上每个位置的序列覆盖范围,以确定拟南芥基因组中的峰。基因区域的峰分析表明,大部分序列峰位于翻译起始位点上游的1.5kb区域,包括5'-UTRs和启动子区域。去除阴性对照中序列峰相似的基因后,在84个基因的内含子、60个基因的3'-UTRs和1902个...
peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。 peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。 九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA...