染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 流程: 获取分析目标的fastq文件 进行质控分析: 1. 去除接头 (fastp) 2. 查看数据质量(fastqc) 比对(hisat2):hisat2将目标文件与基因组...
最典型的对于转录因子,通常都是位于基因的启动子区;其次是邻近的基因的注释,蛋白结合到DNA上之后,主要是发挥基因表达调控的功能,这些peaks区域附近的基因就作为其候选的调控基因。 Motif(基序)分析:在ChIP-seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了...
根据我的实验目的,我需要找出DIPG和GBM之间的差异,所以做heapmap可视化的时候需要对数据进行归一化,这里实现的方式就是用先Homer中的mergePeaks将两组peak数据的bed文件合并,这里生成三个文件,可以理解未两组数据的韦恩图中的三块,我们这里暂时只需要用到中间取交集的数据,但不过问题在于,我们并不能直接把这个数据拿来...
ChIP-seq技术是一种以研究蛋白质与染色体DNA的相互作用为主要目的的高通量数据分析手段,其实验部分主要包含染色质免疫共沉淀(ChIP)样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。 1)ChIP实验基本步骤 ①甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来; ...
chip-seq数据分析完整结果 chip seq分析 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传...
测序之后,我们当然首先需要做质量控制,然后就是做mapping,拿到这些DNA片段在染色体上的位置信息,ChIPseq的数据我们还需要做peak calling,把背景噪声去掉,比如上图中使用MACS做peak calling,这样我们就得到了protein binding site (peak),就可以做下游的分析,比如可视化、相关的基因(比如最近的基因、宿主基因)、Motif分析...
在下游分析前,最好是先对peak calling 后的ChIP-Seq数据进行质量评估。 链交叉相关(Strand cross-correlation) 链交叉相关是一个有效的评估ChIP-Seq质量的方法,它不依赖于peak calling,而是基于ChIP-Seq实验。如果ChIP-Seq实验成功,DNA富集序列标签(蛋白质相互作用的序列)会在reads的双峰富集中产生显著的聚集。产生rea...
通过这种cross-correlation plot的分布,可以直观的分析数据质量,示意如下 一个高质量的chip数据,chip peak对应的峰最高,phantom peak对应的峰较矮,如上图successful所示。如果两种峰都能够观测到,而phantom peak最高,则说明抗体还是富集到了部分序列,但是背景噪声太高了,不利于后续分析,对应marginal这种情况,如果观测不...
R语言实现CHIP-seq数据分析 ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位...