数据分析:通过对测序数据的处理和分析,将样品序列与基因组序列对齐,从而确定蛋白质结合的 DNA 序列。这些数据可以进一步被用来识别结合位点、研究基因调控、表观遗传变化等生物学过程。 ChIP-Seq工作流程(图片来源于维基百科) 分析步骤 ChIP-Seq数据分析是从 ChIP-Seq 实验生成的测序数据中进行处理和解释的过程。其目标...
二、ChIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 ChIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、clean reads比对、蛋白因子结合位点检测、结合位点周围候选靶基因注释、样本组间数据比较和差异结合位点的确定、特定基因的功能富集分析、个性化下游分析。 三、应用领域 四、ChIP-seq数据分析在...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
在分析CHIP-seq数据时,需要遵循一定的步骤和流程,内容主要包括数据准备、质粒提取、测序、碱基质量核查、序列对齐、拼接、建立peaks、转录因子结合位点的鉴定等,下文将详细介绍每一步的操作流程。 首先,CHIP-seq分析的数据准备工作是实验的第一步,准备的内容主要是两类:一类是含有DNA信号的样品和无DNA信号的对照样品,...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...
Chip-seq 的实验流程 Chip(染色质免疫沉淀)实验的基本步骤大致如下: 通过使用甲醛交联蛋白质和 DNA,确保它们结合,从而能够识别互作位点 采用超声波技术对 DNA 链进行片段化处理 进行染色质免疫沉淀,这是 Chip 实验的核心环节。通过使用特异性抗体捕获目标蛋白,形成 DNA-蛋白质复合物,并进行孵育和离心,以收集免疫沉淀...
二、ChIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 ChIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、clean reads比对、蛋白因子结合位点检测、结合位点周围候选靶基因注释、样本组间数据比较和差异结合位点的确定、特定基因的功能富集分析、个性化下游分析。 三、应用领域 四、ChIP-seq数据分析在...
图1 ChIP-seq数据分析工作流程概述(Chen et al., 2018)。 这里给大家介绍几个专业名词: Peak calling:查找DNA结合位点的步骤一般叫做peak calling。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程,基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF,只是概率不一样,说白了,peaks出现的位置,是TF结合的热点,而peak calling就是为了...