但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
(2)从公共数据库中下载ChIP-seq数据 多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。
4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。 针对ChIP-seq这4个方面的应用,为了让大家能更好地理解文献举例里面的内容,小远决定在这里先给大家把基础打牢,如果不清楚基本概念,那么有些实验结果可能会比较难理解,所以...
二、ChIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 ChIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、clean reads比对、蛋白因子结合位点检测、结合位点周围候选靶基因注释、样本组间数据比较和差异结合位点的确定、特定基因的功能富集分析、个性化下游分析。 三、应用领域 四、ChIP-seq数据分析在...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 ...
组学分析之ChIP-Seq,蛋白质修饰。这里是佳奥,我们进入新一篇章的学习! 首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程: sra-tools:下载测序数据 fastqc,multiqc,trim_galore 测序数据的质量控制 bowtie,bowtie2,bwa 比对到参考基因组 MACS2,homer 找到IP的结合位点,坐标bed文件 ...
7.ChIP-Seq的分析流程是什么？首先对原始下机数据（Raw Data）进行过滤，将过滤后得到的高质量序列(...
图2：ChIP-seq信息分析流程示意图 （一）原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式，是高通量测序的...