前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control) 首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式: ...
一、chip-seq的原理: 二:chip-seq的操作流程(粗略): 三、chip-seq的分析流程(粗略): 四、IGV可视化: 一、chip-seq的原理: (1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修...
● GTF:由于其与转录组分析软件的兼容性,通常用于RNA-seq数据的分析,如转录本的定量和差异表达分析。 代码语言:javascript 复制 # 笔者这边稍作了修改 path="/home/lm/Z_Projects/chipseq"mkdir-p ${path}/reference/hg38 nohup wget-O${path}/reference/hg38/gencode.v47.annotation.gtf.gz https://ftp....
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也可以使用Linux的Mac终端和Windows Subsystem for Linux (WSL...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
一、Chip-seq分析流程 二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载: 以二穗短柄草为例: https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon# ...
在分析CHIP-seq数据时,需要遵循一定的步骤和流程,内容主要包括数据准备、质粒提取、测序、碱基质量核查、序列对齐、拼接、建立peaks、转录因子结合位点的鉴定等,下文将详细介绍每一步的操作流程。 首先,CHIP-seq分析的数据准备工作是实验的第一步,准备的内容主要是两类:一类是含有DNA信号的样品和无DNA信号的对照样品,...
二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...