将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
他们通过对DIPG细胞系和GBM-1特异性增强子区域进行motif富集分析,发现二者都有高表达水平,并且在二者特异性增强子中显著富集H3 K27 Ac的TF被鉴定为特异性活性基序。 但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,...
多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。 表1: ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋...
图1 ChIP-seq数据分析工作流程概述(Chen et al., 2018)。 这里给大家介绍几个专业名词: Peak calling:查找DNA结合位点的步骤一般叫做peak calling。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程,基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF,只是概率不一样,说白了,peaks出现的位置,是TF结合的热点,而peak calling就是为了...
一、Chip-seq分析流程 二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载: 以二穗短柄草为例: https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon# ...
其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR扩增及DNA产物片段大小选择（一般为100-300bp，包括接头序列在内）。服务内容及说明 适用场景 TF ChIP-seq适用场景：1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，进一步分析结合位点的保守motif；2、确定转录因子调控的下游...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...
本文将介绍Chip-seq实验的基本流程和分析方法,以及其在生物学研究中的应用。 第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质...
上一讲我们介绍了一文讲明白ChIP-seq(上):高分文章里为什么做ChIP-seq?,这一讲我们就要实践了,具体来跟着流程解读一下ChIP-seq的图。 得到了测序结果,后续就是分析,大体上分为4步: 一、测序数据质量控制 二、序列比对 三、Peak calling 四、Peak annotation与可视化 ...