● GTF:由于其与转录组分析软件的兼容性,通常用于RNA-seq数据的分析,如转录本的定量和差异表达分析。 代码语言:javascript 复制 # 笔者这边稍作了修改 path="/home/lm/Z_Projects/chipseq"mkdir-p ${path}/reference/hg38 nohup wget-O${path}/reference/hg38/gencode.v47.annotation.gtf.gz https://ftp....
一、chip-seq的原理: 二:chip-seq的操作流程(粗略): 三、chip-seq的分析流程(粗略): 四、IGV可视化: 一、chip-seq的原理: (1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修...
ChIP-Seq数据分析是从 ChIP-Seq 实验生成的测序数据中进行处理和解释的过程。其目标是识别基因组中富集了感兴趣的蛋白质或特定组蛋白修饰的区域,称为峰(peaks),并分析其功能意义。ChIP-Seq 数据分析可以提供有关转录因子结合位点、组蛋白修饰以及其他 DNA 结合蛋白的信息,从而揭示基因调控和细胞过程的信息。 进行ChIP...
针对不同的数据考虑用不同的参数。 5.下游分析 (downstream analysis) 分析完之后下游可以做的事情很多,视情况而定。可以同时分析DNase-seq或者ATAC-seq的数据,看转录因子与染色质开放区的关系;或者Homer等工具注释peaks,看不同转录因子/组蛋白修饰之间的关系,或者分析TF的target gene。也可以用MEME等做motif分析。
本文将介绍Chip-seq实验的基本流程和分析方法,以及其在生物学研究中的应用。 第一部分:Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理:首先,需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。 2. 免疫沉淀:接下来,将特定抗体与染色质...
ChIP-Seq的原理是通过ChIP特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。图 ChIP-seq分析工作流程示意图。（A）样品制备和测序；（B）规范...
在分析CHIP-seq数据时,需要遵循一定的步骤和流程,内容主要包括数据准备、质粒提取、测序、碱基质量核查、序列对齐、拼接、建立peaks、转录因子结合位点的鉴定等,下文将详细介绍每一步的操作流程。 首先,CHIP-seq分析的数据准备工作是实验的第一步,准备的内容主要是两类:一类是含有DNA信号的样品和无DNA信号的对照样品,...
二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...