此工具旨在分析 ChIP-seq 的“峰值区域”,也就是说仅分析峰值周围的短基因组区域,给定一组基因组的区域后它将依次值行以下操作 (i)从头开始寻找模体 (ii) 对模体进行富集分析 (iii) 模体可视化 (iv) 结合亲和力分析 (v) 模体识别 Step2:数据准备 上传的区域应为FASTA格式的序列,其长度至少为100 bp,每个序列...
我们都知道ChIP-seq生物信息分析流程主要涉及:数据过滤、序列比对、检峰、模体(motif)分析。 其核心的问题是寻找可靠的motif,也即转录因子结合位点结合的序列特征。 何谓模体 motif:再现的模式,如序列模体,结构基序或网络基。 这些基序通常是一些具有序列特异性的蛋白的结合位点(转录因子等)或涉及到重要的生物过程。 ...
那么ChIP-seq实际上也就是染色质免疫共沉淀+二代测序的一个过程。ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况...
对于DNA结合蛋白,CHIP-seq实验的目的是得到丰富的与特定蛋白结合的DNA。该过程包括多个步骤(图1A):首先...
我们都知道ChIP-seq生物信息分析流程主要涉及:数据过滤、序列比对、检峰、模体(motif)分析。 其核心的问题是寻找可靠的motif,也即转录因子结合位点结合的序列特征。 何谓模体 motif:再现的模式,如序列模体,结构基序或网络基。 这些基序通常是一些具有序列特异性的蛋白的结合位点(转录因子等)或涉及到重要的生物过程。
我们都知道ChIP-seq生物信息分析流程主要涉及:数据过滤、序列比对、检峰、模体(motif)分析。 其核心的问题是寻找可靠的motif,也即转录因子结合位点结合的序列特征。 何谓模体 motif:再现的模式,如序列模体,结构基序或网络基。 这些基序通常是一些具有序列特异性的蛋白的结合位点(转录因子等)或涉及到重要的生物过程。
本项目重点研究基于系统发生足迹和ChIP-seq数据和来进行调控模体预测的相关算法设计和平台构建。在此背景下,我们开发了一系列调控模体预测与分析的软件和平台。我们整合与模体预测相关的基因组序列数据,操纵子结构数据等,开发了模体预测与分析服务器DMINDA,用户可以直接利用模体预测工具包BoBro2.0的相关功能,进行de ...