将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
实验流程 image.png 使用软件 fastqc multiqc fastp bowtie2 macs2 Homer samtools enrichplot clusterProfiler ChIPseeker Galaxy(自动化生信分析网站) 样本选择&数据下载 image.png 选择如图的两个样本,然后到GEO上挑选对应的Input数据和H3K27AC数据。网址如下 GSM4969592 | DIPG XIII-H3K27AC Rep 1 GSM4969613 |...
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也可以使用Linux的Mac终端和Windows Subsystem for Linux (WSL...
一、Chip-seq分析流程 二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载: 以二穗短柄草为例: https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon# ...
其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR扩增及DNA产物片段大小选择（一般为100-300bp，包括接头序列在内）。服务内容及说明 适用场景 TF ChIP-seq适用场景：1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，进一步分析结合位点的保守motif；2、确定转录因子调控的下游...
因此,ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子(TF)结合位点的流行方法。 02 模式植物的ChIP实验流程 模式植物(水稻和拟南芥)的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先,用甲醛处理细胞,使DNA结合蛋白在体内与DNA交联。接下来,细胞被裂解,染色质被超声波切割成小片段,然后使用特定...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长; 分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。 可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。 不同的测序平台...
CHip-Seq 的概念、应用场景、原理、分析流程 Integrative analysis of 111 reference human epigenomes Chip-seq 技术流程 Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of Chip-seq and ATAC-seq Transcription factors: an overview ...