"{id}.sra": 拼接出完整的 .sra 文件路径,例如 /home/user/chipseq/sra/sra/SRR123456.sra。 检查.sra 文件是否存在:[ -f "检查文件是否存在且是一个普通文件。条件判断语句,如果文件存在,则执行之后的代码块;否则跳过。{sra_file}": 表示要检查的文件路径。 打印处理消息:echo: 打印消息到终端,告知当前...
# 设置CRAN镜像为清华大学options(repos=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))# 设置 BioC_mirror 镜像为西湖大学options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")# 安装R包BiocManager::install(c("airway","DESeq2","edgeR","limma","ChIPpeakAnno","ChIPseeker")...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
# chip-seq: 此处显示的代码用于无对照的chip数据 macs2 callpeak -f BAMPE -g<有效基因组大小>-t<干净的aliged.bam>-n<输出文件名>-q 0.01 --nolambda --nomodel -B --outdir<输出文件位置># ATAC-seq: 此处显示的代码用于无对照的ATAC数据,由于atac关注剪切位点,因此可将片段向5‘移动100bp,随后...
1 软件安装及环境配置 2 sra数据下载(采取aspera下载) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 cd /mnt/f/Data/chip_seq/data for ((i=204;i<=209;i++));do ascp -QT -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi...
CHIPseq流程 1. 环境配置 #!/bin/bash wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...
(6)比较(3)和(4)两种系列软件结果的差异表达分析和聚类分析 (一)数据集选择 1、根据筛选标准(是否为RNA-seq数据、样本量、样本分类清晰程度、是否有sra原始数据),到GEO数据库中查找数据集。 数据ID:GSE111845 数据来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111845 ...