但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
ChIP-Seq数据分析是从 ChIP-Seq 实验生成的测序数据中进行处理和解释的过程。其目标是识别基因组中富集了感兴趣的蛋白质或特定组蛋白修饰的区域,称为峰(peaks),并分析其功能意义。ChIP-Seq 数据分析可以提供有关转录因子结合位点、组蛋白修饰以及其他 DNA 结合蛋白的信息,从而揭示基因调控和细胞过程的信息。 进行ChIP...
||功能富集分析|`HOMER`|对差异峰进行功能富集分析,寻找转录因子的富集功能和通路。||结果可视化|`igv`|使用IGV等工具可视化峰和差异峰的分布,进一步分析结果。| 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 代码解释 1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。
1、参考基因组下载: 以二穗短柄草为例: https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon# 2、所需软件下载: ①质控所需软件:fastqc ②过滤所需软件:trim_galore、trimmomatic ...
CHIP-SEQ 分析流程,分析分为4步 质量控制,用的是Fastqc等 序列比对,Bowtie2或BWA peak calling, MACS peak注释, ChIPseeker CHIP数据分析所特有的步骤:peak calling: 染色体上信号波形的定义; 建立背景矫正模型; 建立搜索peaks的准则,即建立判断怎样可以是一个peak(一般会用到背景矫正模型中的背景值); ...
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...