但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
1.使用prefetch从NCBI下载文章的数据列表,GSE14600,数据发表较早为单端测序数据 cat SRR_Acc_List.txt |while read id; do nohup prefetch $id & done 下载好的数据如下: 2.使用fastq-dump转化sra文件为fastq文件 ls *.sra|while read sra; do nohup fastq-dump --split-files $sra &done 3.使用fastqc和...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程: sra-tools:下载测序数据 fastqc,multiqc,trim_galore 测序数据的质量控制 bowtie,bowtie2,bwa 比对到参考基因组 MACS2,homer 找到IP的结合位点,坐标bed文件 deeptools 一些可视化 meme/homer motif 计算motif序列 annotation(R包,ChIPpeakAnno,ChIPseeker) 高...
ChIP-seq基本分析流程 前年在中科院做培训时,整理了一套ChIP-seq分析流程,截选实战部分,略作修改,分享出来,希望大家指正。 那次培训内容比较杂,还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过,链接如下: 下面步入正题,这套流程从ChIP-实验、测序注意事项、测序深度,到分析整体流程,再到每一步如...
(一)数据集选择 1、根据筛选标准(是否为RNA-seq数据、样本量、样本分类清晰程度、是否有sra原始数据),到GEO数据库中查找数据集。 数据ID:GSE111845 数据来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111845 样本介绍:Standard methods were used for RNA-sequencing library construction, EXBead...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》和《ATAC-seq数据分析》就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq数据分析流程!
二、ChIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 ChIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、clean reads比对、蛋白因子结合位点检测、结合位点周围候选靶基因注释、样本组间数据比较和差异结合位点的确定、特定基因的功能富集分析、个性化下游分析。 三、应用领域 四、ChIP-seq数据分析在...
主要是看ChiP是否合格,想要的地方是否富集到了,区别于开头的测序数据质控。 plotCoverage 查看测序深度相关性 mkdir qc plotCoverage -b rmdup/*bam \ --plotFile qc \ -n 10000000 \ --plotTitle "example_coverage" \ --outRawCounts coverage.tab \ --ignoreDuplicates \ --minMappingQuality 10 ...
补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。