另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
chip-seq数据分析完整结果 chip seq分析 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机...
但是,当对Chip样品和Input DNA样品的峰之间的差异定义一个最小的富集阈值后,分析得到的新峰的比率逐渐减小(图中虚线所示),这时,当分析足够具有显著差异peaks数目的时候,结合位点数目的饱和点出现,可以通过定义几个不同的阈值,分析几个曲线到达平台期的数值来定义饱和的标准(图中桔黄色线所示),所指定的阈值即为最小...
该研究以细胞为研究对象,通过ChIP-seq等分析结果揭示了SLFN5的细胞表观遗传调控机制。 标题:Schlafen 5 suppresses human immunodeficiency virus type 1 transcription by commandeering cellular epigenetic machinery 时间:2022-06-10 期刊:Nucleic Acids Research 影响因子:IF 19.16 技术平台:ChIP-seq、ChIP-qPCR、Co-I...
作者采用全基因组方法,进行RNA测序(RNA-seq)分析和不同环境温度下植物的H3组蛋白36号赖氨酸三甲基化(H3K36me3)的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)。对这些数据集的分析和比较表明,温度诱导的差异剪接基因在H3K36me3中富集。此外,作者发现H3K36me3沉积的减少会导致温度诱导的选择性剪接的改变。 最后的结果表明,组...
很可能带来假阴性结果;input作为阳性对照,如果在pcr反应中无条带或条带与lgg一样弱,很可能会导致假阴性结果产生;lgg作为阴性对照,如果在pcr反应中条带很明显,甚至与input或样本组无差别,很可能会带来假阳性结果;blank作为pcr反应的空白对照,如果出现条带,则说明存在假阳性结果,这个最容易分析,肯定是pcr反应条件或...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对pho调控元件进行高分辨率的全基因组分析。研究对一组已知的pho调控基因进行分析和扩展,并鉴定出许多基因内PhoB结合位点。分析结果显示,绝大多数基因内PhoB结合位点不保守,且与...
结果图形 (1)结直肠癌患者组织中增强子分布的全基因组研究 图1:CRC患者组织中活性增强子的注释 用于研究CRC患者的肿瘤组织和癌旁组织的增强子实验工作流程。 CRC患者肿瘤组织和癌旁组织中增强子元件的基因组分布。 随着肿瘤样本数量增加,新获得的增强子占总显著增强子百分比的饱和度分析。