染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
全基因组染色质免疫沉淀测序实验(ChIP-seq)显示,H3K36ac峰位于基因的5'端,主要位于转录起始位点远端的两个核小体上,与基因长度无关。 对于上面的这些结果,具体解析如下:作者首先利用质谱鉴定了lys36是新的乙酰化位点,接着为了验证和扩展质谱结果,作者利用PAGE分离拟南芥花序组蛋白提取物,并用抗H3K36ac的抗体进行...
1.1. 实验处理 ChIPseq2 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。 添加 末端修复、A 尾和 Illumina adapters。 从任一端/两端测序。 2. 数据格式 原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
■ CHIP-seq&转录组学关联分析:Meta genes整体关联、peak关联基因与DEG对应关联、目标区域和靶基因的筛选。 后期视情况是否需要下游实验设计验证TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 参考文献: 1. Fu Y, Dong YQ, Shen JL, Yin BC, Ye BC, You D. A meet-up of acetyl phosphate and c-di-GMP ...
CHIP-SEQ 分析 任务:通过chip-seq结果,寻找转录因子结合位点,并将这些位点关联到基因上。 chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因为正常组织细胞(control组)和癌症组织细胞(case 组)的基因调控稍有不同,所以chip-seq结果也会不一样,case组的结果...
ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差...
上述结果表明,bHLH48和bHLH60可以直接与PIF7相互作用,转录激活功能可能需要蛋白间相互作用实现。 五、ChIP-seq及相关实验证明bHLH60与PIF7共同调控靶标基因的表达 1)作者通过ChIP-seq鉴定出PIF7和bHLH60共同结合的靶标基因(下左图),motif分析显示二者具有...
ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。