chip-seq数据分析完整结果 chip seq分析 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
1:ChIP-Seq数据是基因组特异性富集的序列的测序结果,包括组蛋白修饰ChIP-Seq(H3K4me3/启动子相关/narrowpeak、H3K4me1/增强子相关/narrowpeak、H3K27ac/增强子相关/broadpeak)、转录因子ChIP-Seq(CTCF/绝缘子相关/narrowpeak、pol II/转录起始/narrowpeak)、DNA富集序列(DNase-Seq/弱DNA酶消化/活性区域、MNase-Seq/...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS),表现出一定的序列变异性,以JASPAR这个数据库为例,JASPAR是转录因子结合位点信息数据库,以posi...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker 导语 GUIDE ╲ ChIPseeker包的原创者是南方医科大学Y叔大佬,设计的最初目的是用于ChIP-seq数据的macs peak calling结果分析以及结果可视化,后来逐渐也适用于相关的peak分析(ATAC-seq,DNase-seq)。 背景介绍 今天小编给大家带来的是ChIP-seq数据分析中必备的R包--ChIPseeker的使用...
用ChIP-seq研究情况,以剖析表观遗传特征的特征和生物学功能。组蛋白标记举例:H3K4me1和H3K27ac(增强子区域)、H3K4me3(启动子区域); ,解析该转录因子作用通路信息; 利用ChIP-seq技术可得到定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中其中重要作用; ...
上图是一个H3K4me3组蛋白修饰的chip_seq结果,对于input样本,其累计分布曲线接近于对角线,之所以存在一定程度的偏离,是因为文库构建过程中并不是完全随机的,所以input样本也存在了一些富集区域,这些区域就是peak caling过程中的背景;还有一个注意的是,横坐标的起始位置部位0,这代表了基因组的覆盖度,理论上来讲应该是...