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ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslink)释放结合蛋白的DNA片段,最后测序获...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
总体而言,通过可视化和验证在高c-di-AMP水平暴露下相关基因的代表性结果,展示个别基因水平上ChIP-seq peaks值变化(图3c)。对增强结合信号基因进行GO和KEGG通路分析,表明在抗生素生物合成过程、碳氮和丙酮酸代谢以及多样环境中的微生物代谢方面富集(图3d)。这些结果进一步证明c-di-AMP确实增强了DasR与其体内靶标基因的...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker 导语 GUIDE ╲ ChIPseeker包的原创者是南方医科大学Y叔大佬,设计的最初目的是用于ChIP-seq数据的macs peak calling结果分析以及结果可视化,后来逐渐也适用于相关的peak分析(ATAC-seq,DNase-seq)。 背景介绍 今天小编给大家带来的是ChIP-seq数据分析中必备的R包--ChIPseeker的使用...
还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS),表现出一定的序列变异性,以JASPAR这个数据库为例,JASPAR是转录因子结合位点信息数据库,以position frequency matrices (PFMs) 和TF flexible models(TFFMs)的形式记录了转...
分析结果表明双敲除年轻BM细胞(DKO yBM)在体外和体内均表现出致瘤特性,这些双敲除年轻BM细胞的分子和细胞表征揭示了其与骨肉瘤肿瘤细胞的相似性。与单基因敲除年轻BM细胞相比,双基因敲除年轻BM细胞中观察到Myc及其靶基因上调的转录组变化。Myc的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析揭示了Myc在双敲除年轻BM细胞中对Myc...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。 " 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq...