而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程,...
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今天有个粉丝问了小编一个问题,他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seq peak结果。这可让小编眼前一亮,也感到相当的欣慰。学以致用,举一反三才是学习的最终目的。接下来我们来看看这位粉丝的成果吧。 数据结构如下,由于数据是这位粉丝的,我就不提供完整的数据了。只要包含下面三点内容,...
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☞EnhancedVolcano绘制火山图 今天有个公众号粉丝问了小编一个问题,他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seq peak结果。这可让小编眼前一亮,也感到相当的欣慰。学以致用,举一反三才是学习的最终目的。接下来我们来看看这位粉丝的成果吧。
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