而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程,...
1、这个图是干嘛用的? 2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检...
图1 全基因组 Reads 富集峰 结果文件: Results/Demo-H3K27ac.PeakAnno.xlsResults/2.4.peak_scan/Demo-H3K27ac.covplot.pdf 表头说明:Results/*.PeakAnno.xls表头说明: 表头说明 seqnames peak所在染色体 start peak起始位置 end peak终止位置 width peak长度 strand 正负链信息 V4 同Peak文件第4列,peakname...
(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
5:ChIP-Seq数据库及实战数据介绍 然后开始实战部分: 6:ChIP-Seq计算资源准备与实战数据下载 7:ChIP-Seq数据质控和过滤 8:ChIP-Seq数据比对注意事项 9:ChIP-Seq数据比对实战 10:使用ChIPQC进行质控 这次将介绍ChIPQC结果的各个指标含义 内容来自:https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/lessons/06_combin...
接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 大致流程图:https://www.encodeproject.org/pipelines/ENCPL272XAE chip-seq教程:Introduction to ...
今天有个粉丝问了小编一个问题,他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seq peak结果。这可让小编眼前一亮,也感到相当的欣慰。学以致用,举一反三才是学习的最终目的。接下来我们来看看这位粉丝的成果吧。 数据结构如下,由于数据是这位粉丝的,我就不提供完整的数据了。只要包含下面三点内容...
这样,ChIP-seq就完成了最关键的一步,可以进行后续的建库、测序、分析、挖掘了。有了这张漂亮的WB检测结果图,绝对没人敢质疑你的ChIP! ChIP实验报告 举一反三 小编在找WB检测结果图的时候发现,康测做的ChIP-seq项目真是多到俯拾即是,心中的小骄傲驱使我随手截了一些图,想跟大家分享更多的案例。
通过upsetplot函数和 vennpie交叉使用,可以实现更全面的注释结果展示 library(ggimage)library(ggupset)upsetplot(peakAnno, vennpie=TRUE) 小编总结 ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包,应用范围不局限于ChIP-seq,还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释,它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...