另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG
简介ChIP-Seq:用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。ChIP-Seq实验原理:示意图为F…
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将...
✅Histone ChIP-seq 主要用于研究组蛋白修饰情况: 通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰(什么是组蛋白修饰见图2)相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。 3️⃣ chip-seq应用场...
peak分布圈图 (2)信号的富集程度分析——覆盖度累积曲线 对样本比对结果reads累积情况进行展示。一定长度窗口(bin)上reads数进行计数,然后排序,再依次累加画图。input (能测到90 DNA片段)在基因组理论上是均匀分布,随着测序深度增加趋近于直线,实验组在排序越高的窗口处reads累积速度越快,说明这些区域富集的越特异。
作者进行了ChIP-qPCR并发现ATF3结合到Stat1的启动子区域(图5k)并诱导Stat1基因表达。最后,CGRP诱导的TH1细胞早期调节因子(Stat4和Il12rb2)在Stat1缺陷细胞中被取消了(图5l)。总的来说,RAMP3-CREB-ATF3通过诱导关键转录因子STAT1来调节TH1细胞分化。 图5:CGRP-RAMP3-cAMP通过表观基因组重塑和STAT1激活增强TH1细胞...
chip-seq峰图(peak)可视化 以前客户要chip-seq峰图,用igv导出再p图,累得要命。以后就不用p图啦~
蛋白质与DNA的结合情况。在ChIP-seq峰图中，y轴代表ChIP-seq的信号强度，x轴代表基因组坐标。基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，检测到的DNA片段堆叠就会越高，在峰图中，峰值就会越高。没有蛋白结合，就会几乎没有DNA片段堆叠，峰值就会很低。峰图中的峰就是DNA片段堆叠，叫Peak。
模式识别:元基因组图中常使用模式识别方法,将信号相似的区域聚类在一起,帮助研究人员发现数据中的潜在模式和规律。 数据归一化:为了减少样品间的技术差异,元基因组图中的数据通常需要进行归一化处理,使得不同样品之间的信号可以直接比较。 六、如何使用环形图(Circos Plot) ...
2. 交叉覆盖图 Cross-coverage plotCC 函数可用于绘制我们的交叉覆盖图, plotCC() 函数接受我们的 ChIPQC 样本对象列表和一个 facetBy 参数,以允许我们对交叉覆盖配置文件进行分组。 代码语言:text AI代码解释 plotCC(myQC, facetBy = "Sample")