以下就是ChIP-seq的几个主要应用方向： 1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况，以剖析表观遗传特征和生物学功能；2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点，解析该转录因子作用的通路信息；3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱，核小体定位在转录调控，DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用；4、ChIP-s...
(A) 11个ENCODE ChIP-seq数据集,使用Peak-seq(0.01%FDR截止值)calling的peaks数。 (B) peaks calling和唯一比对reads数之间的关系,为11个ChIP-seq数据集calling peaks数。插图为HepG2细胞的MAFK数据集的peaks数据,该数据集是目前测序最深的ENCODE ChIP-seq数据集(由于相对于其他数据集的reads明显较大,因此单独显...
Illumina的边合成边测序的微观示意图 Illumina边合成,边测序 ChIP-seq测序中最为关键的Peak峰是如何生成的? ChIP-seq测序中最为关键的Peak峰的生成过程 ChIP-seq peaks are characterized by a local enrichment of ChIP-seq reads compared to control, and are observed over the binding sites for the TF under...
ChIP-Seq原理 首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DN...
图1 ChIP-seq数据分析工作流程概述(Chen et al., 2018)。 这里给大家介绍几个专业名词: Peak calling:查找DNA结合位点的步骤一般叫做peak calling。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程,基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF,只是概率不一样,说白了,peaks出现的位置,是TF结合的热点,而peak calling就是为了...
图1:ChIP-seq工作流程和抗体表征程序概述 特定ENCODE指南的步骤用红色表示。其他步骤存在标准ENCODE协议,应针对每种新的细胞系/组织类型或超声进行验证和优化。(*)常用但可选的步骤。 表征新抗体或抗体批次的流程图。 使用抗体表征检测的流程图。 ChIP 实验设计指南 ...
图1:ChIP-seq工作流程和抗体表征程序概述 A. 特定ENCODE指南的步骤用红色表示。其他步骤存在标准ENCODE协议,应针对每种新的细胞系/组织类型或超声进行验证和优化。(*)常用但可选的步骤。 B. 表征新抗体或抗体批次的流程图。 C. 使用抗体表征检测的流程图。
图1:ChIP-seq工作流程和抗体表征程序概述 特定ENCODE指南的步骤用红色表示。其他步骤存在标准ENCODE协议,应针对每种新的细胞系/组织类型或超声进行验证和优化。(*)常用但可选的步骤。表征新抗体或抗体批次的流程图。使用抗体表征检测的流程图。 ChIP 实验设计指南 ...
使用抗体表征检测的流程图。 ChIP 实验设计指南 (1)测序和文库复杂性 对于每个哺乳动物基因组的ChIP-seq点源库,ENCODE的目标是在每次重复中获得≥10M唯一比对reads,以及目标NRF(非冗余分数)≥0.8。modENCODE点源因子的相应目标是每次重复获得≥2M唯一比对reads,≥0.8 NRF。果蝇中的广源ChIP-seq,modENCODE目标reads是...