ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。 2、peak注释 所谓的peaks注释,...
将染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）测定的21个ABA相关转录因子在单个时间点的差异结合（DB）与来自时间序列RNA测序（RNA-seq）数据集的差异表达基因相结合，作者分析了转录因子的DB与靶基因的差异表达（DE）以及多TF结合的组合效应。这些数据集还为构建ABA TF网络和预测对ABA反应和相关环境胁迫重要的基因和顺式调节元...
图1 ChIP-seq数据分析工作流程概述(Chen et al., 2018)。这里给大家介绍几个专业名词：Peak calling：查找DNA结合位点的步骤一般叫做peak calling。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程，基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF，只是概率不一样，说白了，peaks出现的位置，是TF结合的热点，而peak calling就是...
以下就是ChIP-seq的几个主要应用方向:1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq...
图1:ChIP-seq工作流程和抗体表征程序概述 特定ENCODE指南的步骤用红色表示。其他步骤存在标准ENCODE协议,应针对每种新的细胞系/组织类型或超声进行验证和优化。(*)常用但可选的步骤。 表征新抗体或抗体批次的流程图。 使用抗体表征检测的流程图。 ChIP 实验设计指南 ...
图1 ChIP-seq数据分析工作流程概述(Chen et al., 2018)。 这里给大家介绍几个专业名词: Peak calling:查找DNA结合位点的步骤一般叫做peak calling。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程,基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF,只是概率不一样,说白了,peaks出现的位置,是TF结合的热点,而peak calling就是为了...
图1:ChIP-seq工作流程和抗体表征程序概述 A. 特定ENCODE指南的步骤用红色表示。其他步骤存在标准ENCODE协议,应针对每种新的细胞系/组织类型或超声进行验证和优化。(*)常用但可选的步骤。 B. 表征新抗体或抗体批次的流程图。 C. 使用抗体表征检测的流程图。
图2. ChIP交联试剂 二、染色质制备试剂盒 常规染色质片段化的方法主要有超声破碎和酶切两种,酶切法操作简单、快速;超声破碎适合难裂解的细胞样本,随机性更好;根据样本快来选择适合自己的染色质制备试剂盒吧~ 三、ChIP/ChIP-seq级别抗体 与常规的免疫沉淀反应不同,ChIP实验需要的抗...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会...