通过对ChIP-seq数据分析图的深入理解,研究人员可以更好地揭示基因调控机制,为后续的生物学研究提供有力支持。
✅Histone ChIP-seq 主要用于研究组蛋白修饰情况: 通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰(什么是组蛋白修饰见图2)相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。 3️⃣ chip-seq应用场...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
蛋白质与DNA的结合情况。在ChIP-seq峰图中，y轴代表ChIP-seq的信号强度，x轴代表基因组坐标。基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，检测到的DNA片段堆叠就会越高，在峰图中，峰值就会越高。没有蛋白结合，就会几乎没有DNA片段堆叠，峰值就会很低。峰图中的峰就是DNA片段堆叠，叫Peak。
ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。 2、peak注释 所谓的peaks注释,...
箭头表示转录起点和方向。话说连这都没学过就已经开始看ATAC/chip-seq会不会有点混乱啊？
chip-seq峰图(peak)可视化 以前客户要chip-seq峰图,用igv导出再p图,累得要命。以后就不用p图啦~
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...
我们在计算ChIP-seq相关性时候,有两种情况,当我们数据没有重复时候,对样本直接进行相关性计算即可; 不合并样本,检测样本相关性 在linux 环境下得到矩阵(也可以出图,但是我们一般是只要数据,图自己画) 代码语言:javascript 复制 # https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/multiBigwigSummary.html ...