通过ChIP-seq,我们能够识别特定蛋白质结合的DNA区域。ChIP-seq数据分析图通常包括多种图形,如峰值图(peak profiles)、热图(heatmaps)、基因组浏览器视图(genome browser views)等。这些图形可以帮助研究人员直观地了解蛋白质在基因组上的结合模式及其生物学意义。 在ChIP-seq数据分析中,峰值图是最常见的图形之一。它...
ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对于ChIP-seq数据的分析主要应用到包GAlignments,这个包要调用python下的Bioconductor 至于怎么用这个包将Raw数据转化成可以操作的read我在今后会分享给大家,如果感兴趣的也可以一些生物信息学论坛找人交流。 我们先看看一个可以分析的ChIP-seq数据长...
ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对于ChIP-seq数据的分析主要应用到包GAlignments,这个包要调用python下的Bioconductor 至于怎么用这个包将Raw数据转化成可以操作的read我在今后会分享给大家,如果感兴趣的也可以一些生物信息学论坛找人交流。 我们先看看一个可以分析的ChIP-seq数据长...
ChIP-Seq的原理是通过ChIP特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。图 ChIP-seq分析工作流程示意图。（A）样品制备和测序；（B）规范Ch...
信息分析流程如下: 此节内容为Chip-seq基本流程介绍,包括 实验流程 建库流程 分析流程 2. 数据结果及生物信息分析 2.1. ChIP Sequencing 文库质检结果 文库片段质检,ChIP文库的染色质片段在100-500bp之间,建库加入约140bp的接头后,片段应该分布在250-700bp之间为最好。 Fragment Analyzer (FA)毛细管电泳检测: 检测...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
上面这三个图是结合CRO-seq分析的,下面是结合RNA-seq分析的。可以看出,通过GRO-seq确定,在eRNA和差异转录基因之间鉴定出强相关性。而RNA-seq数据进行的分析eRNAs与差异表达基因之间的相关性要弱得多。所以得出结论,从gro -seq分析瞬时转录调控而不是从RNA-seq分析稳态基因表达的具有意义。
一、chip-seq的原理: 二:chip-seq的操作流程(粗略): 三、chip-seq的分析流程(粗略): 四、IGV可视化: 一、chip-seq的原理: (1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...