通过ChIP-seq,我们能够识别特定蛋白质结合的DNA区域。ChIP-seq数据分析图通常包括多种图形,如峰值图(peak profiles)、热图(heatmaps)、基因组浏览器视图(genome browser views)等。这些图形可以帮助研究人员直观地了解蛋白质在基因组上的结合模式及其生物学意义。 在ChIP-seq数据分析中,峰值图是最常见的图形之一。它...
通过这个例子我们可以看到,如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么,可以用ChIP-seq的方法,筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子,用到的方法是ChIP-qPCR(本文献中写的是ChIP-PCR)的方法哦! 5.3 ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子(TFs)的结合位点和基因表达。对植物、...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 3、结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP...
ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。
组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq 流程的output适合作为将染色质区域分类为功能类别的染色质分割模型的input。 图1:具有生物学重复实验的组蛋白ChIP-seq分析流程 图2:没有生物学重复实验的组蛋白ChIP-seq分析流程 ...
我们先看看一个可以分析的ChIP-seq数据长什么样子 start(reads)[1]#查看第一个read的位置 end(reads)[length(reads)] #查看最后一个read的位置 coverage(reads) #查看测序的覆盖度 在测序完成之后read是散在分布在基因组上的,但是呢。如果是结合了蛋白质的基因片段,在建库是就会被富集。被富集的片段,在测序中...
二、组蛋白修饰的CHIP-seq分析方法区分增强子和启动子 组蛋白修饰能预测染色质的类型(异染色质或常染色质)、区分基因组功能元件(启动子、增强子、基因主体)以及检测决定这些元件处于活性状态或是抑制状态。例如H3K4me2和H3K4me3修饰大多数富集在转录起始位点附近的启动子上激活基因表达,而H3K27me2和H3K27me3与基因抑...
我们先看看一个可以分析的ChIP-seq数据长什么样子 start(reads)[1]#查看第一个read的位置 end(reads)[length(reads)] #查看最后一个read的位置 coverage(reads) #查看测序的覆盖度 在测序完成之后read是散在分布在基因组上的,但是呢。如果是结合了蛋白质的基因片段,在建库是就会被富集。被富集的片段,在测序中...
这样,ChIP-seq就完成了最关键的一步,可以进行后续的建库、测序、分析、挖掘了。有了这张漂亮的WB检测结果图,绝对没人敢质疑你的ChIP! ChIP实验报告 举一反三 小编在找WB检测结果图的时候发现,康测做的ChIP-seq项目真是多到俯拾即是,心中的小骄傲驱使我随手截了一些图,想跟大家分享更多的案例。