数据导入:FineBI支持多种数据导入方式,包括文件导入、数据库连接等,方便研究人员导入Chip-seq数据进行分析。 数据处理:FineBI提供了丰富的数据处理功能,包括数据清洗、数据转换、数据归一化等,帮助研究人员高效地处理数据。 数据可视化:FineBI提供了丰富的数据可视化功能,包括多种类型的图表和报表,帮助研究人员直观地展示...
进入新的页面之后我们点击File details会看到Raw sequencing data, 一共有两个重复数据, 因为 chip-seq大多是单端测序, 我们只要选择一个进行分析, 首先是把数据下载下来, 直接下载可能比较慢, 我已经用远端的服务器提前下载好上传到云盘了, 可以在生物楠公众号后台回复CTCF获取下载链接 分析chip-seq的数据还需要一...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x /home/user/chipdata/arabidopsisindex -U IGG.fastq | samtools sort -O bam -o /home/user/chipdata/aligned/IGG.bam & #比对对照试验数据至参考基因输出BAM文件到指定目录/home/user/chipdata/arabidopsisindex是index文件指示前缀,chip.fastq是测序数据,/home/user/chip...
我们先看看一个可以分析的ChIP-seq数据长什么样子 start(reads)[1]#查看第一个read的位置 end(reads)[length(reads)] #查看最后一个read的位置 coverage(reads) #查看测序的覆盖度 在测序完成之后read是散在分布在基因组上的,但是呢。如果是结合了蛋白质的基因片段,在建库是就会被富集。被富集的片段,在测序中...
ChIP-Seq的原理是通过ChIP特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。图 ChIP-seq分析工作流程示意图。（A）样品制备和测序；（B）规范...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...
转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-下-数据使用说明, 视频播放量 5446、弹幕量 6、点赞数 78、投硬币枚数 32、收藏人数 310、转发人数 24, 视频作者 纪伟讲测序, 作者简介 ,相关视频:转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-上-分析思路,想通过单细胞数据
1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file ...