染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
||功能富集分析|`HOMER`|对差异峰进行功能富集分析,寻找转录因子的富集功能和通路。||结果可视化|`igv`|使用IGV等工具可视化峰和差异峰的分布,进一步分析结果。| 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 代码解释 1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。
bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x /home/user/chipdata/arabidopsisindex -U IGG.fastq | samtools sort -O bam -o /home/user/chipdata/aligned/IGG.bam & #比对对照试验数据至参考基因输出BAM文件到指定目录/home/user/chipdata/arabidopsisindex是index文件指示前缀,chip.fastq是测序数据,/home/user/chip...
ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数...
存放ChIP-seq分析结果峰值的数据库属于二级数据库A.正确B.错误的答案是什么.用刷刷题APP,拍照搜索答疑.刷刷题(shuashuati.com)是专业的大学职业搜题找答案,刷题练习的工具.一键将文档转化为在线题库手机刷题,以提高学习效率,是学习的生产力工具
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基...