染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
||功能富集分析|`HOMER`|对差异峰进行功能富集分析,寻找转录因子的富集功能和通路。||结果可视化|`igv`|使用IGV等工具可视化峰和差异峰的分布,进一步分析结果。| 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 代码解释 1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。
bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x /home/user/chipdata/arabidopsisindex -U IGG.fastq | samtools sort -O bam -o /home/user/chipdata/aligned/IGG.bam & #比对对照试验数据至参考基因输出BAM文件到指定目录/home/user/chipdata/arabidopsisindex是index文件指示前缀,chip.fastq是测序数据,/home/user/chip...
ChIP-Seq结果..ABclonal ChIP-Seq数据分析包括基本分析和个性化分析。基本分析包括测序数据的质量控制,测序数据比对到基因组上,ChIP-Seq数据在全基因上的不同区域分布趋势,ChIP-Seq富集pea
HOMER 最初设计的目的用于ChIP-Seq peaks 中寻找富集motifs 。 #命令 findMotifsGenome.pl <peak/BED file><genome>-size # [options] #1. 设定寻找motif 的区域大小(-size # or -size given, default: 200) 如果想在提供的peak中寻找motifs,使用参数-size given。然而,对于转录因子peaks,大多数motifs 被发现...
存放ChIP-seq分析结果峰值的数据库属于二级数据库 A、正确 B、错误 点击查看答案 广告位招租 联系QQ:5245112(WX同号) 你可能感兴趣的试题 单项选择题在艺术领域,被称为“现代绘画之父”的是 A. 乔托 B. 塞尚 C. 毕加索 D. 杜尚 点击查看答案 单项选择题关于同业拆借,说法对的是( )。 A、可以短期借贷,...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基...